O Museu encontra-se inserido na Quinta das Cruzes, tendo o seu espaço sido adquirido em 1946, conjugando as iniciativas do seu primeiro doador - César Filipe Gomes e dos organismos oficiais da altura.

Do seu acervo fazem parte várias colecções, designadamente:
Mobiliário: Contadores Indo-portugueses e Vargaños do séc. XVI; Armários e arcas fabricadas na Ilha em "Caixa de Açucar" do séc. XVII; Mobiliário português e inglês dos sécs. XVIII-XIX.
Porcelanas: Peças chinesas - Companhia das Índias e peças de origem europeia, sécs. XVIII-XIX.
Faianças: Peças de origem portuguesa de proveniência artesanal, sécs. XVII-XIX.
Escultura: em madeira de origem flamenga, sécs. XV-XVI; e de origem portuguesa, séc. XVIII.
Figuras de Presépios em barro policromado e dourado oriundas de barristas portugueses e da região, sécs. XVIII-XIX.

Imagens em marfim de origem Indo-portuguesa e europeia, sécs. XVII-XIX.
Pintura: Retratos e temática variada, sécs. XVII-XIX, de origem portuguesa e europeia.
Gravuras: Panorâmicas e trajes típicos da Madeira, séc. XIX, de origem inglesa.
Ourivesaria: colecção de pratas de origem portuguesa e estrangeira, sécs. XVI-XIX.
Joalheria: sécs. XVIII-XIX.

Projecto de implantação do Orquestrofone, com a construção de um pavilhão de raíz, tendo em vista a criação de um pólo de enorme importância no desenvolvimento da animação e serviços educativos do Museu.

Projecto de conservação e restauro da Capela do Museu, para obviar a sua abertura e funcionalidade enquanto espaço de culto religioso e pólo harmonizador do conjunto Quinta das Cruzes Museu.

Projecto de criação dos Serviços Educativos do Museu, definição das suas finalidades e competências, assim como a conjugação das suas actividades com os projectos de animação do Museu.

Projecto de criação de um espaço apropriado para o desenvolvimento do Centro de Documentação/Biblioteca.

Projecto de criação da Loja do Museu, no desenvolvimento da acção educativa e de difusão do acervo do Museu.