Este Museu foi aberto provisoriamente ao público, em 1949, nos Paços do Concelho. A sua transferência para as instalações do Convento de Jesus, ocorreu a 5 de Fevereiro de 1961, por acção da Misericórdia de Setúbal. O seu primeiro director foi o Engenheiro João Botelho Moniz, que era na época Provedor da Misericórdia; o Museu tem como seu responsável desde 1982, o Doutor Fernanado António Baptista Pereira.

Encontra-se, actualmente, a funcionar na Rua Balneário Paula Borba (devido às obras em curso no edifício do Convento de Jesus), onde se encontra aberta ao público a Galeria de Pintura Quinhentista. Possui importantes núcleos:

- Pintura, desde o referido séc. XIV até à actualidade; destaque para o Antigo Retábulo da Igreja de Jesus datado do início do séc. XVI (1519 - 1530) e para o avultado número de obras do sécs. XIX e XX, da autoria de artistas da cidade de Setúbal;

- Arqueologia, referente à área urbana de Setúbal e do edifício onde se contra instalado, sendo de referir ainda, a colecção de Numismática da época romana;

- Azulejaria dos séculos XV a XVIII, salientando-se a colecção de painéis que foram trazidos do antigo Palácio Cabedo, assim como os do próprio Convento;

- Arquivo, cujos documentos mais antigos remontam ao séc. XIV, e bibliotecas com um total que perfaz os 12.000 volumes, incluindo primeiras edições e um importante conjunto de autógrafos.