O actual museu encontra-se adstrito ao Departamento Marítimo do Sul e foi fundado em 1931, no Largo da Sé, sobre as cinzas do antigo Museu Industrial Marítimo. Este pertenceu à Escola Industrial Pedro Nunes, na Rua do Município de Faro, tendo sido criado por despacho de 4/01/1889 do ministro das Obras Públicas, Comércio e Indústria. Posteriormente, por despacho ministerial de 27/09/1916, foi entregue à Escola de Alunos Marinheiros do Sul, sediada no Largo da Sé. Através do despacho de 7/06/1946, o seu nome foi alterado para Museu Marítimo Ramalho Ortigão. Em 1964, foi reinstalado no actual edifício do Departamento Marítimo do Sul, junto da doca de Faro. Neste museu estão expostos objectos ligados à pesca artesanal, regional e nacional, como modelos de redes, armações, aparelhos e barcos de pesca e de cabotagem, modelos de construção naval, aparelhos e instrumentos de navegação, modelos de navios, trabalhos de marinheiro, modelos de máquinas, quadros a óleo que representam os peixes, moluscos e crustáceos mais importantes da fauna marítima de Portugal, o copejo do atum, globos celestes e terrestres, entre outras peças. O seu espólio encontra-se, igualmente, enriquecido com uma dezena de modelos de barcos da época dos Descobrimentos - caravelas, naus - assim como, navios mercantes e máquinas.