Este Museu encontra-se instalado no antigo Convento de Jesus, do séc.XV, tendo as suas salas grande valor artístico. Em 1911, o Convento foi entregue à Câmara Municipal, a qual projectou a formação do museu, que foi aberto ao público em 1925. Apresenta um valioso espólio artístico, principalmente do período barroco, na sua maioria de inspiração religiosa: núcleos de pintura, escultura, talha, ourivesaria e têxteis. O seu espólio deve-se ao gosto do aveirense Marques Gomes, o qual recolheu muitos objectos oriundos de extintas casas religiosas aveirenses e lisboetas. As peças essenciais do recheio deste museu são constituídas por numerosos altares, retábulos, nichos, maquinetas, órgãos, paredes revestidas de talha, ornamentadas por silhares de azulejos, túmulos (três), esculturas e altos e baixos-relevos, pinturas, entre outras, totalizando cerca de duas mil peças móveis expostas. A igreja apresenta a perfeita conjugação entre o trabalho de talha dourada, os painéis de azulejo e as pinturas sobre tela, muito característicos do barroco português. No Coro-baixo encontra-se o belo túmulo de Santa Joana, trabalho português ao gosto italiano, executado com embutidos de mármore policromado; a arca tumular é sustentada por anjos-crianças e assente num bloco central, encontrando-se, de cada lado esculpida uma fenix renascida e ostentando nas faces decoração com símbolos entre motivos vegetalistas; as paredes da sala são revestidas com esse tipo de material e com talha dourada. O Coro-alto tem uma decoração em "chinoiserie". Salienta-se, igualmente, a "Casa do Lavor" onde faleceu a Infanta D.Joana, mais tarde transformada em capela. O Claustro dá acesso a pequenas capelas e ao "refeitório", local revestido a azulejos do final do séc.XVII. Existem salões dedicados à escultura, prevalecendo a Escola Coimbrã; salas dedicadas à pintura, ocupando lugar de destaque o retrato da Princesa Infanta Santa Joana, do último quartel do séc.XV, entre outras tábuas da Escola Portuguesa; uma pintura da Virgem do Leite revela o estilo da oficina de Frei Carlos, do séc.XVI. A denominada "Galeria de Aveiro" tem secções de arqueologia, cerâmica, pintura e iconografia de artistas aveirenses. Num salão encontram-se expostas diversas peças ligadas à arte do litoral de Aveiro, salientando-se um pequeno barco moliceiro. Relativamente à imaginária em madeira destacam-se um conjunto de anjos barrocos; dos barristas, além de trabalhos de artistas locais, destacam-se a Sagrada Família, atribuída à oficina de Machado de Castro. No andar nobre encontram-se amplos salões de arte sacra barroca, com trabalhos de escultura, pintura, ourivesaria, torêutica, panejamentos e paramentaria, talha e diversos elementos decorativos. Pode dizer-se que este museu é representativo das artes ornamentais dos séculos XVII e XVIII.