O Museu de Arte Sacra de Arouca foi inaugurado a 27 de Novembro de 1933 e pertence à Irmandade da Rainha Santa Mafalda.

Encontra-se localizado no mosteiro e o seu espólio integra diversas obras pertencentes à comunidade cisterciense, assim como obras de outros locais, estando expostas em vários sectores: Escultura, Pintura, Têxteis, Ourivesaria, Tapeçaria, Livros Litúrgicos e Mobiliário.

Peças mais significativas são, na secção de Escultura: Santa Mafalda, datada do séc. XVII; S. Pedro, em calcário, séc. XV; cinco esculturas góticas, em madeira, transição do séc. XV para o séc. XVI, respectivamente, S. Pedro, S. Paulo, S. Bento, S. Bernardo e S. João Baptista.

Na secção de Pintura, salientam-se diversas obras que mostram a evolução artística do séc. XV ao séc. XVIII, e primitivos de vários centros e oficinas do séc. XVI.

A secção de Ourivesaria possui uma bracelete pré-histórica em ouro, que constitui a peça mais antiga do museu; um díptico-relicário em prata dourada do séc. XII que segundo a tradição terá pertencido a D. Mafalda; um tríptico-relicário; o relicário de Santa Cruz.

Diversas outras peças são dignas de menção: tecidos bordados a ouro do séc. XVIII, tapeçarias de Arraiolos, um tapete persa do séc. XVI, livros litúrgicos em pergaminho dos sécs. XIII e XVIII (com iluminuras), peças de mobiliário doméstico e litúrgico, paramentos, talha e alfaias de culto. Salienta-se igualmente, um imponente orgão da época joanina.