A construção da Igreja de Santa Maria foi ordenada em 1251 (após a Reconquista cristã), pelo Arcebispo de Braga, D. João Viegas, tendo terminado as obras por volta de 1271. Inicialmente foi entregue aos dominicanos, passando mais tarde para a Ordem Militar de S. Tiago.

Em 1577, foi elevada à categoria de Sé Episcopal do Algarve e a partir da Sexta-Feira de Paixão desse ano, começaram a oficiar nela D. Jerónimo Osório e o seu Cabido, vindos de Silves.

Trata-se de um edifício de estrutura românico-gótica, com uma imponente torre na fachada, na qual se abre um pórtico de três belos vãos tratados como portais de arquivoltas apontadas, com ornamentação do séc. XIV. Sobre este pórtico eleva-se um espaçoso coro alto, iluminado por três janelas com decoração posterior à edificação. O beiral assenta em cachorrada e a Noroeste ergue-se o campanário de três olhais. A igreja tem ábside e dois absidíolos, assim como capelas terminais no transepto. As naves têm cobertura em telhado, possivelmente por falta de fundos.

Em 1596, o edifício sofreu um violento incêndio e foi pilhado pelos piratas ingleses de Essex, tendo os telhados sido destruídos e bastante atingidas as estruturas das naves. Escapou a sólida construção da cabeceira, a torre da fachada e o pórtico.

O Bispo e o Cabido mandaram reconstruir o templo, mas com uma estrutura simples, ao estilo da época - Renascença. O interior é composto por três naves, de quatro tramos, separadas por arcos de volta inteira e sustentados por colunas dóricas, sendo as laterais mais baixas e com frestas e a central com janelas de clerestório. As paredes laterais encontram-se revestidas por um silhar de azulejos do séc. XVIII.

A parede do lado Norte foi reforçada com contrafortes e ao lado Sul foram encostadas diversas dependências. Assim, o corpo da igreja ficou com as seguintes dimensões: comprimento - 25,20 m, largura - 20,80 m; altura da nave central - 13,80 m, altura das naves laterais - 10,60 m.

A igreja apresenta-se como uma mistura híbrida do antigo e do moderno, apenas subsistindo da sua construção original a torre-relógio, duas capelas do cruzeiro e a coluna de uma das absidíolas. A primeira capela adossada à igreja foi a do Cónego Gaspar da Mota, falecido em 1603, sendo dedicada ao Senhor Jesus. Esta capela esperou até 1728 para ser reparada e foi restaurada em 1933 por Francisco Guerreiro Afonso. A partir dos séculos XVII e XVIII, a Sé começou a ser dotada de novas capelas que, embora a tivessem enriquecido, lhe retiraram a unidade da sua primeira fase.

Em 1637, D. Francisco Barreto I iniciou as obras da capela-mor, concluídas em 1640. A sua cobertura é em abóbada de berço, articulada em caixotões, sendo quatro deles claraboias. Nas paredes laterais foram aplicados azulejos policromos em 1664. Ao fundo encontra-se um belo retábulo maneirista, o qual contém nos seus três nichos esculturas do séc. XVI: ao centro encontra-se representada Nossa Senhora da Assunção, ladeada por S. Pedro e S. Paulo. O retábulo de D. Francisco Barreto chegava só ao entablamento, mas, em 1752, foi acrescentada uma parte superior, em hemicírculo, de talha dourada, com uma pintura circular ao centro, representando a Coroação de Santa Maria pela Santíssima Trindade. Destacam-se, igualmente, as duas grandes telas de Guerini, mandadas vir de Itália pelo Bispo D. Francisco Gomes do Avelar e o cadeiral. Para a parede exterior da capela-mor foram aproveitadas as pedras da ábside, na qual se veem siglas iguais às da torre da fachada. No seu sub-solo foi escavado um jazigo para os bispos, no qual estão sepultados D. Jerónimo Osório, D. Francisco Cano, D. Francisco Barreto I, D. Francisco Barreto II, D. António Pereira da Silva, o Cardeal D. José Pereira de Lacerda, D. Francisco Gomes do Avelar, D. Carlos Cristóvão Genuez Pereira e D. Marcelino António Maria Franco.

Em 1639, terminou a obra da sacristia, tendo sido aberta uma porta em estilo Renascença na capela romano-gótica de S. Domingos. Entre 1637 e 1643 foram substituídas as frestas góticas do coro pelas janelas atuais, tendo sido restaurado o mesmo, o qual ainda tinha abóbada de nervuras. O arco do coro-alto caiu durante o terramoto de 1722 e foi reconstruído até 1725. O belo órgão do séc. XVIII (1715-1716) encontrava-se no coro alto, tendo sido transferido para uma tribuna junto ao mesmo e, por sorte, não foi atingido, assim como não sofreu com o terramoto de 1755. Não se sabe quem foi o autor do risco e da feitura da talha, mas sabe-se que a sua caixa foi construída no 2º quartel do séc. XVIII. Trata-se dum bom exemplar do período barroco, pintado e dourado em 1751 e 1752, pelo mestre Francisco Correia da Silva, com motivos chineses sobre charão vermelho. Entre as diversas obras que teve, destaca-se uma grande reparação efetuada por D. Pascoal Caetano Odoni a partir de 1767. Este órgão é um dos mais antigos existentes da época de D. João V. Entre 1972 e 1974 foi restaurado, com o apoio da Fundação Calouste Gulbenkian, na casa holandesa de D. A. Flentrop.

Entre 1649 e 1671, a Sé esteve vaga e o Cabido, dispondo não só dos seus bens como dos da Mitra, resolveu mandar fazer melhoramentos no templo. Assim, em 1660 substituiu as portas laterais góticas do lado Norte e do lado Sul pelas atuais abrindo, na mesma altura, as janelas que lhes estão sobrepostas. Em 1664, mandou revestir de azulejos policromos as duas paredes da capela-mor, e os que sobraram foram colocados em lambris de 1, 65 m de altura nas naves laterais.

Em 1671, tomou posse do Bispado D. Francisco Barreto II, sobrinho do primeiro, o qual resolveu fazer uma nova Capela do Santíssimo. Para o efeito, mandou demolir o absidíolo do lado Norte, erguendo uma obra sumptuosa. No entanto, foi o seu sucessor, D. José de Meneses, quem a terminou, tendo mandado fazer o arco triunfal em mármore, onde estão as suas armas. Das várias campanhas de obras de ornamentação realizadas nesta capela, destaca-se a última, do início do séc. XVIII, durante a qual foram preenchidos os alçados com belos painéis de talha com folhagem de acanto, delimitados por pilastras sustentadas por meninos, peixes, águias, entre outros.

Em 1690, o Bispo D. Simão da Gama mandou reedificar a Capela de Nossa Senhora do Rosário, com toda a grandeza, de talha dourada sobre fundo carmesim. As suas paredes e os pendentes da abóbada são inteiramente revestidos de azulejos da autoria de Gabriel del Barco, datados de 1695-1700, figurando, igualmente, uma grande tela do séc. XVII. São considerados os melhores azulejos da sua autoria e os primeiros que se fizeram para impedir a importação do azulejo de origem holandesa. Estes painéis representam a "Fuga para o Egito" e a "Ida do Menino e seus Pais a Jerusalém". Nesta capela encontra-se um anjo lampadário pintado de preto (Confraria de Nossa Senhora do Rosário dos Pretos).

Em 1695, as capelas de S. Domingos e da Senhora da Conceição foram revestidas de azulejos policromos; nesta última capela, gótica, na qual se conserva uma janela geminada e abóbada nervada, encontra-se uma imagem de Nossa Senhora da Conceição com o Menino, do séc. XV.

Do tempo de D. Simão da Gama é o lageado das naves da Sé e a Capela de S. Miguel, no claustro. Mandou, igualmente, reconstruir a "Casa do Cabido" e iniciou os arcos do claustro, sobre os quais, além dessa casa, existem a "Casa da Cera" e a "Casa Forte".

A Sala do Capítulo era coberta por um teto bastante valioso.

D. António Pereira da Silva, Bispo do Algarve entre 1704 e 1715, afirmou-se, nesta região, como o grande mecenas da época barroca. No início deste século mandou edificar a capela-relicário do Santo Lenho (único relicário da região), com um mausoléu para o seu corpo, no lugar do absidíolo Sul. Porém, faleceu antes da obra estar concluída, tendo deixado incompleta a ornamentação da capela, a qual só foi terminada em 1782. O seu grandioso túmulo encontra-se no alçado do lado do Evangelho desta capela. O trabalho de talha que decora a capela é considerado ímpar na talha algarvia, com um valioso repertório iconográfico. Salienta-se a composição do retábulo, sendo atribuído o risco e feitura desta magnífica capela ao mestre entalhador e escultor farense, Manuel Martins.

A Capela das Almas foi transferida da nave Sul para a Norte, em 1721, para que a Confraria pudesse edificar a sua Casa de Despacho. Para o lugar deixado por aquela capela passou a de S. Brás, a qual se encontrava no local para onde foi transferida a outra, tendo aí sido erguido o retábulo, entre 1726 a 1750.

Na sumptuosa Capela de Nossa Senhora dos Prazeres, da qual se desconhece o autor do risco e o responsável pela sua execução, salienta-se o seu original trabalho de talha, como uma gruta, tendo sido mandado dourar pelo mestre Francisco Correia da Silva, tarefa concluída em 1751. Esta capela é um caso único no barroco da região, destacando-se a utilização de uma grande diversidade de materiais e técnicas na sua decoração, tais como estuques, talha dourada, mármores com embutidos, embrechados, um silhar de azulejos (representam a vida de S. Francisco de Paula) e pintura figurativa a óleo, num conjunto de grande efeito estético. No fecho do arco figuram as armas do fundador da capela, D. António Pereira da Silva, cujo túmulo, em mármore, também aí se encontra. A capela foi edificada à custa do Arcediago de Lagos, D. José da Gama, filho dos 2ºs. marqueses de Niza e 6ºs. Condes da Vidigueira, sobrinho do Bispo D. Simão da Gama, no entanto, só foi concluída na ausência do Bispo D. Inácio de Santa Teresa (1751).

O amplo espaço exterior localizado a Sul da igreja encontra-se ocupado por diversas dependências: uma Capela de Ossos, na qual estão pedras tumulares de vários cónegos, uma capela mortuária dedicada ao Arcanjo S. Miguel e um claustro incompleto. Este começou a ser edificado durante o bispado de D. Simão da Gama, em 1697. Um segundo corpo, semelhante ao primeiro, ainda chegou a ser feito em 1813. Deve realçar-se, igualmente, o exterior de uma capela medieval da antiga Igreja de Santa Maria.

Do recheio da Sé salientam-se, além do órgão, as imagens de Nossa Senhora da Assunção, S. Pedro e S. Paulo (séc. XVI); Nossa Senhora da Conceição (séc. XV); Nossa Senhora do Rosário (séc. XVII); Senhor Jesus (séc. XVI); Nossa Senhora dos Prazeres (séc. XVII); S. Domingos, S. Tomás de Aquino e S. Pedro de Verona (séc. XVII); e dois crucifixos com o Cristo de Marfim. Do valioso espólio da sacristia fazem parte um arcaz, dois paramentos e alfaias, além de boa pintura do séc. XVI: a "Sagrada Família", pintura sobre pergaminho, um políptico e um belo "Apostolado", com algumas figuras de destaque. Entre os paramentos de grande valor, destacam-se o vermelho rico de Pontifical, a colcha da Índia e o branco rico. Em relação às alfaias de prata são importantes o Relicário situado na Capela do Santo Lenho, uma custódia rica, um cofre eucarístico, cuja porta é decorada com "putis" a enquadrarem figuração solar, uma naveta-búsio (em prata dourada e madrepérola, desenhada pela rainha D. Amélia), o livro da "Fauta" do Cabido e o turíbulo rico. Das peças de mobiliário distinguem-se os assentos capitulares, o arcaz da sacristia, espelhos, castiçais ricos e o candeeiro das Trevas. Existe, igualmente, uma grande quantidade de livros litúrgicos com interesse bibliofílico, especialmente um antifonário do Ofício de Nossa Senhora da Conceição.

Os sinos constituem um equilibrado carrilhão e obedecem a um curioso código que figura num livro sobre a Catedral, mas, infelizmente, hoje não funcionam.

LAMEIRA, I. C. Francisco, Faro : Edificações Notáveis, Faro, Câmara Municipal de Faro, 1995.

LOPES, Flávio (coord.), Património Classificado - Arquitectónico e Arqueológico - inventário, vol. I, Lisboa, IPPAR, 1993.

ROSA, José António Pinheiro e, Monumentos e Edifícios Notáveis do Concelho de Faro, Faro, Câmara Municipal de Faro, 1984.