A data do início da construção da Sé do Funchal não é certa. As informações existentes dizem que no ano de 1485, por ordem do Duque de Beja e Grão-Mestre da Ordem de Cristo D. Manuel, são cedidos terrenos, no Campo do Duque, para aí ser erguida «huma igreja e adro e casas para o concelho» do Funchal. A data apontada como sendo a mais provável para o início da construção da Sé é a do ano de 1493. Isto porque é neste ano que D. Manuel, como Gão-Mestre da Ordem de Cristo, e depois já como monarca, começa a expedir vários diplomas que serão geradores de receitas para a construção da referida igreja. A edificação deve ter terminado no ano de 1521, visto que as receitas de impostos que revertiam em favor da construção da Sé, passam a beneficiar outra obra: a Alfândega Nova.
A igreja é benzida no ano de 1508, sendo elevada a Sé Catedral a 12 de Junho de 1514.
A questão de quem executou a construção da Sé Catedral do Funchal foi motivo de polémica, pois inicialmente considerava-se que teria sido Gil Eanes. Mais tarde, constatou-se que o construtor teria sido Pêro Annes, que também foi responsável por outras obras na mesma época.

A planta da Sé Catedral do Funchal é composta em cruz latina. Desta destaca-se: a cabeceira, o transepto e a nave. A cabeceira é composta pela capela-mor e por dois absidíolos, a saber: a Capela do Amparo e a Capela do Santíssimo. A capela-mor apresenta uma abóbada ogival e comunica com o transepto por um arco trinfunfal. Os absidíolos são constituídos por abóbodas ogivais e terminam por ábside de três panos, externamente amparados por contrafortes. Ambas as capelas comunicam com o transepto por um arco gótico e são iluminadas por uma fresta em cada uma delas. O transepto tem a mesma altura que a nave central e comunica com esta por dois arcos, mais elevados do que os restantes arcos de comunicação. O transepto da Sé Catedral encontra-se iluminado por duas rosáceas e três janelões. Na fase inicial, o transepto não tinha altares, tendo esta situação sido alterada nos meados do século XVI, devido à devoção popular a determinados santos e que levou à colocação de altares nessa parte da igreja.
A nave da Sé divide-se em três outras, sendo a central iluminada por uma rosácea, que se encontra sobre porta principal, por oito frestas manuelinas, e por um óculo, que se localiza sobre o arco triunfal da capela-mor. A nave central liga-se às laterais, que são mais baixas, por dez arcos góticos; a ligação com a cabeceira faz-se por meio de dois arcos mais altos que os restantes, cortando o transepto, e a comunicação com exterior até 1794, pela porta principal. Pode também ver-se na nave central, um elegante púlpito. As naves laterais comunicam com o transepto por um arco gótico, e com o exterior, a partir de 1791, por duas portas de cantarias, em substituição das antigas. Isto acontece por causa das obras nas naves laterais destinadas à construção de altares nas paredes.
O coro, seriamente danificado pelo terromoto de 1748, foi inicialmente colocado na sala da torre, a pedido dos moradores do Funchal. O coro actual foi feito no ano de 1794, depois de pedido um novo órgão para esta igreja. O coro irá então ficar colocado sobre a porta principal, sendo para o efeito criado um tapa-vento na nave central. A torre, situada no lado norte da igreja, tem forma quadrangular e termina num eirado que está protegido por ameias onde se ergue um elegante coruchéu.

FERREIRA, Manuel Juvenal Pita, A Sé do Funchal, Junta Geral do Distrito Autónomo do Funchal, 1963.

SILVA, Fernando Augusto da; MENESES, Carlos Azevedo, "Sé Cadetral", in Elucidário Madeirense, vol. III, Funchal, DRAC, 1984.