O Santuário do Senhor Jesus da Pedra localiza-se num terreiro plano, extramuros, junto à estrada que liga a Vila de Óbidos a Caldas da Rainha.

Esta construção teve início em 1740 sob o risco e direção do capitão Rodrigo Franco, arquiteto da Mitra Patriarcal, apresentando uma planta característica da arquitetura barroca, definida por um hexágono regular inscrito numa circunferência, articulado com o plano retangular da capela-mor e da sacristia.
Embora a construção tenha continuado até 1747, esta obra permanece incompleta, pois as torres que deveriam ladear a fachada principal, apresentam-se apenas da altura da cimalha da igreja, não possuindo os respetivos coruchéus.

A cúpula, de forma hexagonal e revestida exteriormente de telhas esverdeadas, é encimada no vértice por um grande globo, que sustenta uma alta cruz de ferro.
As fachadas do Santuário são amplas superfícies circulares caiadas de branco, que definem o tom genérico da construção. A fachada principal, voltada para a Vila de Óbidos e por consequência mais decorada do que as restantes fachadas, define o tradicional eixo principal das fachadas barrocas portuguesas, composto por porta, janela e janela-invertida. A restante decoração está organizada a partir deste eixo central caracterizando-se pela existência de janelas, num plano superior, que repetem de modo simplificado as do eixo principal e pela existência de dois óculos elípticos, num plano inferior. As fachadas laterais em termos decorativos são muito simplificadas, onde janelas retangulares mantêm o jogo rítmico com os óculos elípticos, no entanto caracterizam-se essencialmente pela sua superfície redonda caiada a branco. A fachada oposta à principal, que dá acesso à sacristia, define por sua vez, um eixo central composto por porta, óculo circular e janela coroada com frontão triangular.

Apesar da contenção decorativa, os elementos existentes são vários, destacando-se entre eles: grandes pilastras, frontões, óculos, espirais, capitéis vegetalistas e fechos.

O interior do Santuário desenvolve-se em amplos corredores repartidos por vários pisos (onde se encontram pequenas salas poliginais), que ladeiam o hexágono constitutivo do corpo da igreja, permitindo o acesso ao coro e a pequenas tribunas, também de forma hexagonal regular.

A decoração no interior é mínima, o que traduz a afirmação do espaço bastar-se a si próprio. No entanto, pode observar-se talha e pinturas nos altares do período de D. João V e de D. José, assim como um pequeno registo de azulejos no altar-mor. As telas que decoram o Santuário, principalmente as de melhor realização, são atribuídas a Vieira Portuense e a Pedro Alexandrino de Carvalho, e representam a morte de S. José, Nossa Senhora da Conceição e o Calvário no retábulo do altar-mor. O elemento que chama maior atenção é a imagem devocional do Senhor da Pedra, uma figura antropomórfica cruciforme, toscamente esculpida, provavelmente datada do século XVIII, que surge resguardada por uma vitrine, no altar-mor, e da qual advem o nome deste Santuário.

A construção do Santuário foi feita com base nas esmolas dos fiéis e nos generosos donativos do Rei D. João V, que durante sete anos consecutivos o visitou. Assim, se construiram a igreja, as casas para os aposentos dos romeiros, uma enorme cavalariça, um chafariz e um profundo poço de cantaria.

No terreiro exterior ao Santuário realiza-se uma romaria, a 5 de maio, no dia de Santa Cruz, a qual é muito concorrida e onde a feira do gado atrai muitos forasteiros e comerciantes.

Em julho de 2013 é classificado Monumento de Interesse Público.
A classificação do Santuário do Senhor Jesus da Pedra reflete os critérios “relativos ao interesse do bem como testemunho simbólico ou religioso, ao seu valor estético, técnico e material intrínseco, à sua conceção arquitetónica, urbanística e paisagística e à sua extensão e ao que nela se reflete do ponto de vista da memória coletiva”.

BOTELHO, Joaquim Silveira, Óbidos: Vila Museu, Óbidos: Câmara Municipal, 1985.

PEREIRA, José Fernandes, Óbidos: o Santuário do Senhor da Pedra. - Óbidos: Câmara Municipal, [D.L. 1989].