Quando, em 1519, foi lançada a primeira pedra para o Convento da Assunção, já se encontravam em Faro, na Igreja de S. Sebastião, frades franciscanos da Província da Piedade, para prepararem a edificação de um convento e escolher o local. Partiram sem nada terem resolvido, mas no tempo do Bispo D. Fernando Coutinho, a pedido dos Vereadores, Nobreza e Povo, em 1528. No ano seguinte iniciaram a construção do convento, numa herdade de D. Branca de Vilhena, viúva de Rui Barreto, Alcaide-mor e Capitão-mor de Faro e Loulé, herdade que ía da orla do mar até ao sítio da Trindade (foi fundado em 1529). As despesas da obra foram pagas por seu filho, Nuno Rodrigues Barreto, o qual ficou como padroeiro e sucedeu a seu pai na alcaidaria mor.

Os frades viveram aqui até ao terramoto de 1755, o qual lhes arrasou a igreja e o convento. A partir daí começaram a viver em péssimas condições, pois as suas acomodações encontravam-se em ruínas. No entanto, começaram a reedificar o convento, tendo solicitado ao Papa Pio VI um Breve de redução de missas para poderem custear as respectivas despesas. Assim, pediam que lhes fosse permitido celebrar "uma por três, ficando a esmola de duas a favor da obra de reedificação e uma para sustento do religioso celebrante e da Comunidade". A concessão da graça veio por intermédio da Rainha e pertenceu ao Bispo a sua execução.

As obras foram efectuadas muito lentamente e, por volta de 1829, num requerimento ao Bispo, os frades diziam só ter utilizado a redução de missas por três anos, solicitando-lhe a prorrogação da redução de missas durante os dois anos que ainda lhes faltavam dos cinco concedidos. Apesar do edifício se encontrar em obras de reconstrução, os "serviços militares" utilizaram-no desde 1827 ou 1828, não se sabendo onde teriam ficado alojados os frades com os soldados a ocuparem as suas instalações.

Embora o convento e a igreja tivessem sido arrasados pelo terramoto, a estrutura conventual não desapareceu e por ela foi possivel fazer a sua reconstrução. No actual edifício do quartel, muito pouco resta do edifício primitivo (renascença, provavelmente edificado pela família Pires). Exteriormente, observa-se uma estreita faixa de parede que o destaca da Igreja de S. Francisco, seguida de quatro tramos separados por cunhais de alvenaria. Dos três primeiros, o cunhal do segundo é mais elevado, tendo no alto um óculo, na altura do 1º andar uma janela de sacada e no rés-do-chão a porta principal do edifício. Actualmente, esta é a entrada do quartel e estaria neste local a igreja do convento, sendo a porta, que se encontra sempre encerrada, a primitiva. O arco abatido ao fundo deste compartimento da entrada seria o que sustentava o coro localizado onde hoje se encontra a biblioteca. Na caserna inferior seguia a nave prolongada para o alto no lugar da caserna superior. O altar-mor encontrar-se-ia ao fundo, supondo-se que a igreja ficava ao longo duma das alas do claustro. A outra entrada, que era no tramo seguinte, era mais lógica pois daria imediatamente para o claustro, o qual constituía e ainda constitui o núcleo de todo o edifício.

Em cada uma das suas alas estão sete arcos de pedra, os quais repousam sobre impostas em que terminam as pilastras que os sustentam e dão para o pátio. A cobertura é de abóbada de alvenaria e o pavimento de calçada miúda. Ao silhar de cantaria que o rodeava todo foi sobreposto, recentemente, outro de azulejos imitando o séc. XVIII. A ala do lado da cerca terá sido suprimida por altura da adaptação definitiva da casa a quartel. Na ala confinante com a antiga igreja encontra-se uma lápide com os nomes dos soldados do R. I. F. que morreram nas últimas guerras em que tomou parte.

Em redor do claustro encontram-se instalados os serviços do regimento, tanto no rés-do-chão como no primeiro andar: casernas, salas de armas, refeitórios, cozinhas, salas de sargentos, de oficiais, secretarias, aposentos dos comandantes, uma boa biblioteca (recheada, principalmente, de obras militares), entre outras dependências. É interessante verificar que, em muitos desses compartimentos, se conserva a estrutura das antigas celas dos frades, cada uma delas formada por um pequeno corredor contíguo à porta, baixa, e sala de estar com janela, assim como recatada alcova onde o religioso dormia.

A longa frontaria que se estende para o lado direito, compreendendo um tramo mais estreito e outro mais longo, com duas ordens de janelas, uma de rés-do-chão elevado e outra de primeiro andar, correponde a uma das alas do claustro e ao início de outra perpendicular a esta. Estes corredores, extremamente limpos, estão ornados por plantas, quadros e outras curiosidade nas paredes. Contrariamente ao que se julga, o patrono deste convento era Santo António e não S. Francisco.