Já no ano de 1571, Francisco de Holanda, engenheiro-militar, recomendava, numa obra de sua autoria - Da Fábrica que Falece a Cidade de Lisboa - uma construção fortificada na Barra do Tejo, se possível for, havendo pedra, ou fundamento seguro (...), no meio da Cabeça Seca onde rebenta o mar dos Cachopos que responde mais fronteiro a São Gião".
Inicialmente, em 1586, no "tempo dos Governadores", a fortificação de Cabeça Seca terá sido um ponto fortificado, de carácter provisório (em madeira), talvez não exactamente no mesmo local onde posteriormente viria a ser edificada a construção definitiva, filipina, da autoria de Frei Giovanni Vincenzo Casale. Este frade engenheiro, chegou a Portugal em 1589, vindo do Vice-Reinado de Nápoles onde trabalhava no Arsenal Real. Em Dezembro desse ano, escreveu ao rei Filipe I, informando da necessidade e possibilidade de ser efectuada uma construção fortificada no banco de areia (baixio) que limita, a sueste, a Barra Grande, conhecido por Cabeça Seca. Obteve do monarca, autorização para a respectiva edificação, começando as obras em Fevereiro de 1593.
Após a construção do traçado inicial (fundações e parte das muralhas), veio a falecer Frei Giovanni, em Coimbra, no início de Janeiro de 1594, tendo as obras abrandado o seu ritmo. Durante a Restauração, rendeu-se a incompletada fortificação aos portugueses (aquele ponto fortificado estava sob o comando de um oficial espanhol).
O seu aspecto actual deve-se a Frei João Turriano, que orientou as obras durante o reinado de D. João IV. Encimando a porta de entrada existe uma placa de bronze que atribui, inclusivé, a edificação da fortaleza a D. João IV, ignorando as obras de fundação e já ter sido artilhada durante o período filipino. É um dos bons exemplos das fortalezas redondas (planta circular) do Renascimento, onde todos os seus elementos principais (base, parapeito para artilharia, alojamento da guarnição, pátio interior e corpo central mais elevado, onde se localiza o farolim) são circulares e concêntricos. Foi também utilizado como prisão. Sabe-se que no ano de 1802, estava artilhada com 26 peças de fogo. Os franceses ocuparam-no nos finais de 1807, sendo em Março do ano seguinte, efectuados disparos de canhoeiras, vindos do lado da Barra, por parte dos ingleses, que tentaram o desembarque, sem êxito; tal só veio a ser conseguido em Setembro, após a Convenção de Sintra, sendo a bandeira inglesa içada na fortaleza, substituída, passado pouco tempo pela portuguesa.
A torre entrou em cena novamente, em 11 de Julho de 1831, por ocasião do ataque inesperado dos franceses, sob o comando do Almirante Roussin. O forte, desde o século XIX, encontra-se desactivado, como consequência da sua ineficácia perante a evolução da artilharia passando, então, a ter a utilidade de farolagem da Barra. Relativamente ao Farol do Bugio, já existiam referências em 1751, embora seja dado como construído em 1775; em 1836, realizaram-se obras de remodelação no farol, passando o novo mecanismo a ter um movimento regular e contínuo de rotação, levando 3 minutos a dar uma volta completa. Possuía 16 focos luminosos, alimentados por candeias de azeite, que gastavam 12 litros por noite. Em 1896, foi o farol equipado com novo equipamento.
Em meados do nosso século, devido ao assoreamento da Barra, era possível, durante a maré-baixa, ir a pé do Bico da Areia ou Bico da Calha, até ao Bugio; actualmente este encontra-se isolado pelo mar, devido à regressão das areias, razão pela qual a visita só é possível através de pequenas embarcações.
A Torre do Bugio pertence administrativamente à freguesia de Trafaria (concelho de Almada), mas militarmente esteve sempre adstrita ao comando da Fortaleza de S. Julião da Barra (Estado Maior da Armada - Direcção de Faróis), sito no concelho de Oeiras.

CALLIXTO, Carlos Pereira, Fortificações Marítimas do Concelho de Oeiras, Câmara Municipal de Oeiras, [s.d.].

LOPES, Flávio (coord.), Património Classificado - Arquitectónico e Arqueológico - inventário, vol. II, Lisboa, IPPAR, 1993.

SOUSA, R. H. Pereira de, Fortalezas de Almada e seu Termo, Câmara Municipal de Almada, 1981.