Igreja edificada no séc. XVI, pertencia ao convento franciscano do mesmo nome, hoje desaparecido (foi destruído em 1942). Do conjunto original apenas subsistem a igreja, a torre medieval da cerca velha (com um balcão de matacães com cachorrada, acrescentado no séc. XIV) e o claustro.
O mosteiro, instalado no primitivo paço dos fidalgos Martins da Silveira, condes de Sortelha, sob a protecção do arcebispo D. Alexandre de Bragança, foi solenemente inaugurado em 1602, logo enriquecido com um retábulo de boa marcenaria artística, de colunas e estátuas esculpidas pelo entalhador Sebastião Vaz e por quadros de pintura e dourado dos mestres Pedro Nunes e António Vogado (1625-26). Este conjunto original da ábside foi substituído pela actual e valiosa obra barroca, da época de D. Pedro II, na qual se veneram as imagens padroeiras: Santa Clara e S. Francisco de Assis.>br>A igreja é de nave única, com as paredes totalmente revestidas por silhares de azulejos policromos, seiscentistas, de tipo tapete, renda e de monogramas religiosos. Destacam-se os curiosos frontais de altar, do tipo indo-português, com ramagens, aves e animais exóticos, de cerca de 1650, segundo encomenda de soror Helena do Espírito Santo. A cúpula da capela-mor, de forma hemisférica, as arcadas que suportam os anexos do confessionário-palratório e a sacristia apresentam-se, igualmente, revestidas por azulejos de tipo padrão, bastante interessantes pelo desenho da sua planta e decoração.
As paredes da capela da Misericórdia encontram-se revestidas por um silhar de azulejos do tipo albarrada, do séc. XVIII.
O retábulo da capela-mor, barroco, tem colunas salomónicas e uma tribuna em talha dourada. Os dois altares colaterais da nave são decorados com talha dourada, barroca, compondo-se de fustes salomónicos, consagrados a S. José e a Nossa Senhora da Conceição, do séc. XVIII.
O coro baixo parece ser anterior e apresenta um cadeiral monástico, duplo, esculpido em madeira de carvalho, e os altares do Menino Jesus, Nossa Senhora do Rosário e Senhor Jesus das Misericórdias, onde jaz em campa de mármore a venerável madre Mariana do Rosário, falecida em 1649.

ESPANCA, Túlio, Évora - Encontro com a Cidade, Câmara Municipal de Évora, Évora, 1988.

TAVARES, M. e MIRANDA, C., Guia Turístico, Cultural e Artístico de Portugal, Lisboa, 1989.