A edificação desta igreja iniciou-se em 1567, como parte do amplo Colégio da Companhia de Jesus. Foi patrocinada e sagrada pelo Cardeal-Rei D. Henrique, em 1574, com o objectivo de substituir a capela interna, transformada em Sala de Actos da Universidade. A primeira pedra foi lançada em 1556, presidindo à cerimónia o seu fundador.

O edifício foi construído segundo os padrões romanos da igreja-mãe dos inacianos de Jhésu, com planos do arquitecto Jacomo Da Vignola (igualmente respeitada em S. Roque, de Lisboa), tendo tido como técnicos responsáveis os mestres de pedraria Afonso Álvares, mestre das obras da comarca do Alentejo, Cristóvão de Torres e Baltazar e Afonso Fernandes, oficiais eborenses conhecidos pela sua competência.

A fachada apresenta linhas sóbrias em estilo chão, sendo antecedida por galilé de arcada de volta inteira.
O interior é de nave única, ampla e com planta rectangular, tem capelas laterais, cobertura em abóbada de berço, de caixotões geometrizantes, transepto de quatro altares e capela-mor decorada em estilo maneirista, com retábulo de talha dourada e revestimento azulejar policromo, armoriado e datado de 1631.

Do núcleo de altares destacam-se os do "Senhor da Cana Verde", "Senhor Jesus dos Passos" (panteão da marquesa de Fontes, D. Isabel de Lorena), o primitivo da "Senhora da Boa Morte", decorado por retábulo executado em 1703 pelo entalhador Francisco Machado (segundo modelo do altar da capela de Santo Inácio), que guarda o painel da Ceia, atribuído a Gregório Lopes e, o de "Santo Cristo", com o monumental sarcófago em mármore, vazio, destinado a receber a ossada de D. Henrique e em cuja cripta teve sepultura o infante-condestável D. Duarte. Os altares encontram-se decorados ao estilo barroco, uns com talha dourada e outros com mármores embutidos, de estilo florentino, salientando-se a Capela do Senhor Jesus dos Passos, de 1699.

Igualmente digno de nota é o púlpito de bronze e mármore vermelho, quinhentista, doado por D. Maria de Alarcão.

Nas sacristias subsistem algumas relíquias históricas e artísticas: na antiga jaz o ilustre e douto arcebispo D. Frei Manuel do Cenáculo e, na nova, edificada a expensas do reitor Pe. Pero Navarro, salienta-se o revestimento azulejar de tipo diamante e as interessantes pinturas a fresco maneiristas sobre a vida e morte de Santo Inácio de Loyola, incluindo as cenas da fundação da ordem religiosa e da recepção dada a S. Francisco Xavier pelos reis D. João III e D. Henrique. Esta obra é datada de 1599 e é muito valiosa como documento iconográfico.

ESPANCA, Túlio, Évora - Encontro com a Cidade, Câmara Municipal de Évora, Évora, 1988.