A Igreja de S. João Baptista (antiga Capela de S. Vicente, anexa ao Hospital dos Gafos, fundada pela Rainha Santa Isabel, em 1309), localiza-se à entrada da vila, e recebeu esta designação após o abandono da igreja homónima do Mocharro. No entanto, nada conserva da sua traça primitiva.
O edifício apresenta uma planta regular longitudinal, sendo composto pelo corpo da igreja, capela-mor e sacristia. A cobertura é feita por telhados de duas águas, rematados por cornija, e cúpula na torre sineira. O exterior caracteriza-se por uma grande austeridade. O corpo da igreja encontra-se delimitado pela fachada principal e, na cabeceira, pelas dependências do edifício. A fachada principal, virada a norte, é de alvenaria caiada, ressaltando daí pesados cunhais em pedra bem aparelhada, rematados por pináculos piramidais. Por sua vez, as paredes laterais da igreja e das dependências são sustentadas por cinco contrafortes de pedra emparelhada, de secção rectangular, em que os do meio são constituídos por um pilar de três níveis diferentes, estreitando-se para o pináculo final.

O interior da igreja continua a ser marcado por uma grande austeridade. Um portal, quinhentista, de cantaria, com alçado rectangular e características renacentistas dá acesso a um subcoro, e daí à nave única, coberta por tecto de madeira, de três panos, imitando caixotões. O coro, construído em madeira policromada, com balaustrada, é sustentado por duas colunas de pedra, de fuste liso, assentes em bases que contêm, cada uma, pias de água benta. Um púlpito de madeira pintada, imitando mármore, sustentado por uma coluna toscana, localiza-se do lado esquerdo. Um arco cruzeiro trifacetado permite a passagem para a capela-mor, cuja cabeceira, alta e estreita, é coberta por uma abóbada quinhentista, nervada e artesoada por seis medalhões renascentistas. O altar, assente num patamar de dois degraus, é de alvenaria e forrado a madeira, apresentando um retábulo barroco, de talha dourada, que emoldura um painel sobre tela, do séc. XVIII e de inspiração romanista, alusivo ao orago, S. João Baptista. A ladear o retábulo, existem duas pequenas mísulas nas quais assentam as esculturas de S. Vicente e uma vez mais do padroeiro desta igreja, S. João Baptista. Por sua vez, a sacristia, comunica com o exterior e com a torre sineira. Esta última, de planta quadrangular, é rematada por um campanário, no qual se rasgam em cada um dos alçados, janelas de uma luz com arco de volta perfeita, sendo o acesso a esta zona feito através duma escadaria de pedra em espiral. A iluminação da igreja é feita através de quatro janelas: uma sobre a porta principal, duas na nave, junto ao arco cruzeiro e a restante na capela-mor, à esquerda. Todas elas datam do séc. XVIII e são rematadas a cantaria, exibindo lacrimais. Desta forma, a Igreja de S. João Baptista é marcada pela presença de obras setecentistas, no entanto, mantém ainda traços quinhentistas, nomeadamente no portal da entrada e na abóbada da cabeceira.

CÂMARA, Teresa Bettencourt da, Óbidos : arquitectura e urbanismo (séculos XVI e XVII), Estudos Gerais, Série Universitária, Óbidos, Câmara Municipal de Óbidos / INCM, 1990.