A Igreja de S. Francisco faz parte integrante do Convento de S. Francisco e foi construída de acordo com os modelos do gótico mendicante, a partir do final do século XIV. A fachada principal apresenta ainda a composição primitiva com rosácea rendilhada e apenas o portal foi transformado no século XVIII, com a colocação de colunas espiraladas e frontão interrompido. A fachada voltada a sul apresenta janelas bilobuladas do período manuelino, sendo de destacar o portal gabeletado que tem inscrito um pentagrama, e sob o qual se desenvolvem três arquivoltas decoradas com esferas e pequeninos arcos de ferrradura.

O interior, de três naves e cobertura tripla, foi totalmente revestido de talha barroca e rococó nos séculos XVII e XVIII.

Dos núcleos artísticos tardo-medievais destaca-se a pintura mural do século XV, evocativa da Senhora da Rosa, com a representação dos doadores, que têm sido identificados como os reis D. João I e D. Filipa de Lencastre, a Capela dos Reis Magos, do início do século XVI, e a Capela de Santo António com uma imagem do santo patrono que data do século XV. De salientar ainda o retábulo de escultura barroca do século XVIII, representando os mártires franciscanos em Marrocos.