A primeira pedra desta igreja foi lançada pelo bispo D. João Coutinho, a 15 de outubro de 1620.

O seu interior apresenta uma interessante decoração barroca na talha dourada dos retábulos, no arco triunfal e no belo revestimento azulejar.

A igreja teve duas campanhas de obras distintas, a primeira efetuada no primeiro quartel do séc. XVIII, altura em que foi construído o retábulo da capela-mor, e a segunda datada de 1747, quando foi decorado o arco triunfal e os dois colaterais.

A igreja pertencia ao Convento de Santo António dos Capuchos, tendo este sido ocupado após a Revolução Liberal e, mais tarde, adquirido e remodelado pela Guarda Nacional Republicana.

Apresenta um pequeno claustro.

A Igreja e o antigo Convento de Santo António dos Capuchos, em Faro, distinguido como património cultural de valor nacional

Foi publicada no Diário da República de 10 de janeiro de 2014, a portaria n.º 24/2014, assinada pelo Secretário de Estado da Cultura, que distingue o imóvel da Igreja e o antigo Convento de Santo António dos Capuchos, em Faro, como monumento de interesse público.

Os frades capuchos da Província da Piedade instalaram-se em 1529, em Faro, mas só mais tarde ocuparam o atual Convento de Santo António dos Capuchos, construído em 1620, em terrenos ribeirinhos próximos do centro urbano. Porém a igreja, anexa ao convento, só foi inaugurada em 1622. Os frades ocuparam o conjunto formado pela igreja e pelo convento, mantendo a sua atividade, em Faro, até à extinção das Ordens Religiosas em 1834.

A classificação da Igreja e do antigo Convento de Santo António dos Capuchos, que passou por um longo processo de pareceres técnicos e audiências públicas, reflete os critérios constantes da Lei do Património Cultural, nomeadamente, quanto ao seu valor estético, à sua conceção arquitetónica, urbanística e paisagística, bem como o que o monumento reflete do ponto de vista da memória coletiva.

Foi ainda demarcada uma zona especial de proteção que visa assegurar a salvaguarda do monumento na evolução do tecido urbano, garantindo o seu enquadramento e as perspetivas da sua contemplação.

"Roteiros de Portugal - II Série - Sítios Romanos", in Expresso, Lisboa, 1994, p. 32.