Edificada em 1259 sob patrocínio do rei D. Afonso III, a igreja transformou-se no maior exemplar do gótico mendicante de Santarém, fruto dos financiamentos régios da Rainha Santa Isabel e D. Dinis, seu marido. Estes apoios ter-lhe-ão definido não só a estrutura e as amplas dimensões, como o desenvolvimento de uma importante casa monacal (desaparecida depois de 1907).

Na primeira metade do século XVII a igreja foi alvo de profundas remodelações que lhe alteraram a forma e a volumetria, nomeadamente a supressão do transepto, a divisão do amplo corpo, um novo teto de caixotões e a aplicação de revestimento azulejar maneirista, retirados no âmbito das campanhas de restauro de meados do século XX.

A planta da atual Igreja apresenta três longas naves de oito tramos compostas por altas colunas góticas decoradas com pinturas a fresco e capiteis lavrados, cuja heráldica documenta o patrocínio régio. A iluminação é feita através de uma rosácea e por múltiplas frestas e janelas.

Do seu património tumular destaca-se o túmulo gótico de D. Leonor Afonso, professa clarissa e filha bastarda do rei fundador.