A primitiva ermida medieval foi reconstruída por pescadores em 1518. Sessenta anos mais tarde, a ermida foi ampliada, tornando-se igreja paroquial.

Esta igreja foi muito danificada pelo terramoto de 1755 e pelo furacão de 1757, tendo as obras de recuperação dado origem a profundas alterações arquitetónicas, salientando-se nessa intervenção os aspetos revivalistas, nomeadamente o esquema da arquitetura chã dos finais de quinhentos. A fachada é sóbria e o seu pórtico é renascença, ladeado por duas pilastras jónicas, com colunas caneladas.

O interior é composto por três naves, divididas em quatro tramos definidos por amplos arcos de volta inteira, suportados por sólidas colunas dóricas com largos ábacos. As paredes encontram-se revestidas por um silhar de azulejos policromos do séc. XVIII. A nave central é mais elevada, com tetos de madeira, capela-mor e colaterais abobadadas. Não tem transepto mas tem capelas de topo. Ignora-se quem foi o seu arquiteto mas aí poderá ter trabalhado Diogo Pires. O coro tem grandes dimensões e ocupa o primeiro tramo. No subcoro encontra-se o quadro da Última Ceia, muito bem iluminado, pintura que pertenceu ao refeitório do seminário.

A capela-mor tem uma cobertura em abóbada de berço dividida em dezasseis grandes caixotões, e um notável retábulo maneirista em talha dourada, construído entre 1681 e 1689, considerado uma das primeiras manifestações onde se ensaiaram as formas barrocas. O corpo central é desenhado como se se tratasse de um portal, rematado por um frontão interrompido, estando no tímpano a figura esculpida de Deus Pai. No centro do retábulo, uma grande tela representa a Imaculada Conceição. Nas paredes laterais estão pinturas vindas do Seminário e sob o arco triunfal encontra-se uma bela escultura de Cristo na Cruz. Sobre o mesmo arco está um óculo de forma circular.

Em distintas épocas foram acrescentadas ao corpo da igreja algumas capelas que enriquecem o seu amplo espaço, de equilibradas proporções. Nas sete capelas, além da ábside, existem notáveis obras de arte enquadradas por diversos tipos de ornamentação.

A capela das Almas encontra-se totalmente revestida por belos painéis de azulejos azuis e brancos, do séc. XVIII, com as figuras da Virgem Maria, S. Miguel, S. Francisco e outras de santos que auxiliam as almas a libertar-se, vendo-se também um nicho escavado com a imagem de Nossa Senhora da Boa Morte. O retábulo de talha é da autoria de Manuel Martins (1719), assim como o arco posterior (1729).

O retábulo, a talha dos alçados e do arco de entrada da Capela do Santíssimo foram encomendados pela Confraria do Santíssimo, em 1748, a Tomé da Costa, Francisco Xavier Guedelha e João Batista, mestres que trabalhavam de parceria. Estes eram continuadores da oficina do grande escultor Manuel Martins, tendo realizado obras de grande qualidade artística, nomeadamente nesta capela. Esta é inteiramente revestida de talha barroca do séc. XVII, apresentando no tímpano do retábulo um belo baixo-relevo policromo e dourado, do séc. XVIII, com a representação da "Última Ceia", inscrita num valioso molduramento, numa profusão de anjos de diferentes tamanhos, no meio de elementos vegetalistas e geométricos. O topo apresenta dois anjos que amparam uma cartela com os símbolos eucarísticos. Nesta capela também se encontra um belo tabernáculo e as esculturas de Nossa Senhora do Ó, Santa Bárbara e Santa Ana, esta última atribuída a Machado de Castro e, possivelmente, trazida do Colégio dos Jesuítas, após a expulsão dos mesmos, em 1759.

Na antiga capela do Calvário está um Apostolado e a imagem do Senhor dos Passos e na capela de Nossa Senhora da Conceição encontra-se um retábulo do séc. XVIII, com as imagens da Santa e de S. José, o qual esconde as primitivas nervuras da abóbada do séc. XVI.

No invulgar retábulo barroco de Nossa Senhora da Vitória estão esculturas do séc. XVII - Virgem Maria, S. Vicente, S. Pedro Gonçalves - sobre fundo de tela pintada. O arco da capela é sustentado por colunas coríntias.

A antiga capela de Santa Luzia, atualmente denominada de Nossa Senhora de Fátima, guarda o mais antigo dos retábulos, em estilo maneirista.

O interior desta igreja encontra-se, igualmente, enriquecido com dois belos púlpitos com dossel e duas notáveis pias de água benta: uma assenta numa mísula e a outra, original, tem escavada a taça, na parte superior, num capitel compósito de jaspe.

Na sacristia encontra-se um arcaz de boa qualidade, decorado com embutidos, o qual guarda dois jogos de ricos paramentos (bem conservados), um vermelho, de veludo bordado a ouro, do séc. XVI, e outro do séc. XVIII. De salientar, igualmente, uma bela mesa de pedra, algarvia, e uma notável tábua quinhentista representando o "Descimento da Cruz".

A classificação da Igreja de São Pedro, matriz de São Pedro, reflete os critérios constantes do artigo 17.º da Lei n.º 107/2001, de 8 de setembro, relativos ao caráter matricial do bem, ao seu interesse como testemunho simbólico ou religioso, ao seu valor estético, técnico e material intrínseco, à sua conceção arquitetónica, urbanística e paisagística, e à sua extensão e ao que nela se reflete do ponto de vista da memória coletiva.

A zona especial de proteção (ZEP) tem em consideração a implantação do imóvel e as características da sua envolvente. A sua fixação visa assegurar a salvaguarda do mesmo na evolução do tecido urbano, garantindo o enquadramento e as perspetivas da sua contemplação.

Imagem de Santa Ana atribuída a Machado de Castro. Dois belos púlpitos com dossel e duas notáveis pias de água benta: uma assenta numa mísula e a outra, original, tem escavada a taça, na parte superior, num capitel compósito de jaspe. Na sacristia encontra-se um arcaz de boa qualidade, decorado com embutidos, o qual guarda dois jogos de ricos paramentos (bem conservados), um vermelho, de veludo bordado a ouro, do séc. XVI, e outro do séc. XVIII.

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Horário de culto:
terça-feira a sábado às 18:00h; domingo às 11:00h

LAMEIRA, I. C. Francisco, Faro: Edificações Notáveis, Faro, Câmara Municipal de Faro, 1995.

PAQUETE, Manuel, "Dossier Algarve II", in Turismo Cultural, nº 5, II Série, Amadora, Abril/Maio/Junho 1992.