Esta igreja, também denominada do Hospital, é caracterizada pela sua planta octogonal com os lados desiguais. A entrada principal é constituída por uma porta de concheados "rocaille" com o escudo português encimado por uma pomba. O seu interior identifica-se com o tipo de igreja-salão, com o coro alto localizado sobre a porta de entrada e uma pequena capela-mor coberta por uma abóbada de berço. O corpo da igreja é coberto por um tecto de masseira dividido em caixotões. O altar-mor é constituído por uma boa pintura em "trompe l'oeil", com colunas de talha fingidas, à excepção das duas mísulas, onde estão colocadas as imagens, e do trono. Os dois altares colocados junto ao arco triunfal estão decorados com talha "rocaille", sendo os restantes altares decorados com elementos neoclássicos. A porta lateral dá acesso a uma dependência, que constitui o único vestígio da antiga Ermida de S. Brás (onde a Misericórdia esteve primeiramente instalada), coberta por uma abóbada manuelina. Uma interessante capela de abóbada gótica tem as armas dos Melos e dos Costas no fecho das ogivas havendo, no fundo desta capela, uma rosácea de fino rendilhado. Na ourivesaria sacra destacam-se um cofre eucarístico do séc. XVII, de origem alemã ou inglesa, decorado com flores e insectos voando e em cuja tampa figura um "Agnus Dei", e uma custódia-cálice, datada de 1688.