A atual Igreja de São Francisco foi erigida no século XVIII a partir da remodelação e ampliação da quinhentista Ermida de São Sebastião.
A capela-mor, da largura da nave central, possui um retábulo de talha barroca da autoria do mestre entalhador João Amado. Nas paredes laterais da ousia foram construídos nichos em talha, já inexistentes, destinados a acomodar as imagens em roca da Procissão das Cinzas.
A fachada, em torno da qual foi decisiva a reorganização urbanística do largo adjacente, é atualmente a simbiose de elementos artísticos diversificados, alguns barrocos, outros de feição manuelina, estes últimos reaproveitados da primitiva Ermida de São Sebastião.
Do seu interior, destaca-se, colocado no retábulo mor, o sacrário em talha. Trata-se de um exemplar único na região algarvia que apresenta a forma de pelicano de asas abertas e com o bico a rasgar o peito. Na base estão três crias que se alimentam da torrente de sangue que jorra do peito da progenitora. Consta que é proveniente do Convento de Santo António, desconhecendo-se o responsável pela sua execução.
No que diz respeito à imaginária, salientam-se as imagens de São Francisco (110 cm x 30 cm) e de São Sebastião (100 cm x 30 cm), ambas do século XVIII.

CARRUSCA, Susana, Loulé: Património Artístico. Loulé, Câmara Municipal, 2001,p. 101 -102; 119.

OLIVEIRA, Ataíde, Monografia do Concelho de Loulé. 4.ª ed., Faro, Algarve em Foco, 1998, p. 110-118.