A Igreja de Nossa Senhora da Piedade foi mandada edificar no ano de 1664, por iniciativa régia de D. Afonso VI, sob traças do arquiteto régio João Nunes Tinoco, aquando da reestruturação da área urbana do Paço Real de Santarém.

A história da Igreja anda ligada a uma pequena ermida arranjada/fundada pelo arrábido capucho, Afonso da Piedade, em 1611. Esta rivalizava com a Ermida de Nª Sª da Guadalupe, fundada no reinado de D. Afonso V. Foi à volta desta imagem que ocorreram «os sinais milagrosos» (26 e 27 de Maio de 1663), que os crentes e depois a Sé de Lisboa vieram a chamar o «Milagre da Sª da Piedade» associados com a vitória portuguesa na Batalha do Ameixial, que praticamente pôs fim à Guerra da Restauração (11 de Julho de 1663).

Em janeiro de 1664, o Rei D. Afonso VI decide mandar erguer uma Igreja com patrocínio real, dedicada à Senhora da Piedade, aproveitando os alicerces da sua ermida. Em 1665 começaram as obras, mas só foram acabadas nos finais do reinado do irmão do fundador, D. Pedro II, entre 1688 e 1691.

Órgão “positivo” de armário, da Igreja de Nossa Senhora da Piedade, foi objeto de intervenção em 2008, levada a acabo pelo mestre Dinarte Machado. Encontra-se no coro alto e antes do presente restauro estava instalado do lado do Evangelho, com colocação lateral. É um instrumento característico da escola de organaria Portuguesa, construído em 1795, pelo organeiro Joaquim António Peres Fontanes (1700-c1820).

Classificada IIP - Imóveis de Interesse Público, em 1934.