A Igreja Paroquial das Mercês, também designada por Igreja de Jesus, remonta ao séc. XVII (c.1615-33) e fazia parte do núcleo do convento Franciscano das Terceiras de Jesus (hoje Hospital de Jesus dispondo também da Igreja da Ordem Terceira). Tendo sofrido danos com o terramoto de 1755 foram realizadas grandes obras de reconstrução sob a responsabilidade de Joaquim de Oliveira, constituindo um excelente exemplo de arquitectura religiosa barroca em Lisboa do séc. XVIII.
A fachada, toda em calcário, compõe-se de dois andares de ordens sobrepostas e de cinco panos de muro, sendo os panos das extremidades do segundo andar recuados em relação aos três centrais. A escadaria de ingresso é curvilínea, convergindo para a entrada da igreja composta por galilé de três arcadas separadas por pilastras dóricas. Os panos axiais das arcadas contêm pequenos nichos, com as imagens de São Francisco e de Santo António. Sobre o arco central há um medalhão oval que guarda um baixo relevo da Virgem com o Menino, rematado por um frontão triangular. A dividir os dois andares, uma faixa acompanha o desenho das pilastras, criando a ilusão de que estamos perante métopas e tríglifos. No segundo andar rompem grandes janelas ladeadas de pilastras jónicas e encimadas de frontões de vários tipos. O tímpano com um óculo coroa os três panos centrais do segundo andar enquanto acrotérios ornamentam o topo da fachada, que na extremidade central mostra uma cruz em ferro forjado.

O interior é de nave única, larga e comprida, com planta rectangular, tendo cobertura em abóbada de berço perfeito. A nave é flanqueada por capelas intercomunicantes (quatro de cada lado) erguendo-se delas arcos encimados por janelas providas de pequenas sacadas, sendo o segundo andar decorado a estuques. O coro alto é sustentado por duas colunas dóricas de fuste canelado, em cuja zona inferior se apoiam duas pias de água benta. No muro do cruzeiro abre-se um arco do triunfo, ladeado de quatro nichos com imagens dos evangelistas e sobre o qual há uma grande janela.
A capela-mor tem abóbada de berço e os alçados laterais são articulados por pilastras que definem três tramos, sendo os extremos desenvolvidos em arcos e tribunas e o central também desenvolvido em arco é encimado no seu interior por um túmulo. Este arco é enriquecido por dois quadros: um em que figura o Menino Jesus e São João e outro "A Sagrada Família".
Do recheio da Igreja há vários aspectos de gosto rococó a assinalar: a talha, os púlpitos joaninos, o órgão dourado e branco (em talha), o cadeiral (já de transição para o neoclássico com mármores simulados, grinaldas e espaldar com quadros que representam personalidades da Ordem Franciscana), os retábulos dos altares (situados nos topos do falso transepto com as figuras de Nossa Senhora do Patrocínio e de São José), e diversas peças de grande valor artístico da época de D. João V (executadas entre 1735-45, desconhecendo-se o nome do seu entalhador, vulgarmente denominado por "Mestre de São Francisco"). De igual importância são as pinturas dos altares que contam notáveis episódios da vida de São Francisco.
Em algumas capelas laterais encontram-se inscrições seiscentistas e painéis de azulejo policromo; noutras podem observar-se desenhos rococó (capelas de Santo António e de Nossa Senhora de Fátima), ou quadros seiscentistas (exemplo da Capela do Calvário).
Anexas à igreja existem diferentes divisões, entre elas a Casa Mortuária, corredores, a escadaria revestida a azulejo azul e branco com motivos vegetalistas; existe ainda uma sala cuja abóbada e paredes estão também elas completamente revestidas de azulejo azul e branco, tendo no medalhão central da abóbada a figura da Virgem.
Inscrita num altar de pedra está colocada uma Virgem com o Menino, obra do séc. XVII, e nas paredes estão expostas várias peças de paramentaria.
Na escada adjacente à galilé da igreja (que dá entrada à Igreja da Ordem Terceira de Jesus) vê-se um portal de 1696 encimado de um "baixo-relevo" representando São Francisco recebendo os estigmas. No lado poente do templo localizava-se o antigo convento, hoje transformado em Hospital, que tem como acesso um portal barroco.

GUIA LARANJA, Lisboa e Costa de Lisboa, Convergência, Portugal, 1985.

LOPES, Flávio (coord.), Património Classificado - Arquitectónico e Arqueológico - inventário, vol. II, Lisboa, IPPAR, 1993.