A Casa e Confraria da Misericórdia de Alenquer foram instituídas em 1527, por ordem de D. João III, sendo o seu primeiro provedor Fernão Velez, fidalgo da Casa Real. Na época regia-se pelos estatutos da Misericórdia de Lisboa. Em 1655 foi mandado construir um hospital. A igreja é de uma só nave, reconstruída em 1595 (segundo uma lápide que se encontra na igreja) e em 1755, após o terramoto. A classificação inclui o recheio, o qual compreende a pia baptismal, de desenho simples, com uma pequena cartela e datada de 1561, proveniente da Igreja da Várzea, os azulejos azuis e brancos de tipo enxaquetado, a talha dourada, as pinturas do tecto com cercadura policroma, ao centro com as armas de Portugal ladeadas por dois anjos, do séc. XVIII, as pinturas do altar-mor , assim como lápides e esculturas antigas. No topo da nave, junto dos degraus de acesso ao altar-mor, existe um pequeno painel de azulejos do séc. XVIII, o qual representa a "Visitação". O altar é de feição maneirista, em mármore branco, com aplicações de negro e rosa.