No sítio da antiga Sinagoga dos Judeus, foi erguida no reinado de D. Manuel I, a pedido da rainha D. Leonor, uma igreja sob a invocação de Nossa Senhora da Misericórdia.

Bastante danificada pelo Terramoto de 1755, foi mandada reedificar por D. José I, ficando as obras sob a direcção do arquitecto Francisco António Ferreira Cangalhas.

Do traçado antigo apenas manteve o belo portal manuelino, inserido na fachada virada para o rio, e a Capela do Santíssimo Sacramento, construída no séc. XVII.

O portal, que é bastante parecido com os que se encontram na fachada Sul dos Jerónimos, apresenta um arco de volta perfeita, entre dois botaréus com ornatos renascentistas, encimados por esferas armilares e unidos por uma cornija rendilhada. O tímpano mostra divesas figuras esculpidas. Os botaréus, bem como os janelões que enquadram o portal, possuem baldaquinos e mísulas onde se inscrevem imagens.

Na Igreja da Conceição Velha encontra-se o Espaço de Informação ao Peregrino da Associação de Peregrinos Via Lusitana, o qual oferece guias, mapas, disponibiliza credenciais e dá apoio personalizado aos peregrinos no Caminho de Santiago e no Caminho de Fátima. Os visitantes recebem orientações sobre itinerários, alojamento e pontos de interesse, além de aconselhamento para o planeamento físico e espiritual da viagem.