A Sé está situada numa posição centralizada relativamente à cidade, afirmando o seu estatuto de principal edifício religioso; ergue-se voltada a Norte, desviando-se do hábito pré-tridentino do altar-mor a oriente.

Foi reedificada entre 1570 e 1642, por ordem do cardeal D. Henrique, com a ampliação da igreja de S. Salvador (construída em 1486). Foi reconstruída parcialmente (torres, a cobertura e o frontão) após os danos provocados pelo sismo de 1980.

Da igreja gótica quatrocentista não restam grandes vestígios no edifício chão e maneirista que a substituiu; contudo, podem ser sinais, embora alterados, da primitiva igreja os coruchéus arcobotantes e deambulatório.

Apresenta uma fachada com galilé e duas altas torres, cada uma com um coruchéu de base octogonal, com frestas em cada face, revestido de azulejos. As torres têm os sinos distribuídos por dois andares: o inferior, destinado aos sinos de maiores dimensões, apresenta um olhal em cada uma das faces; o superior tem quatro olhais, em arcadas de triplos vãos. O frontão tem duas volutas situadas nos cantos e ao centro um relógio encimado por friso simples sobre o qual se ergue um campanário. Antecedendo a entrada principal existe um nártex aberto por três arcos de volta inteira sustentados por pilares. Uma série de três janelas alternam com quatro aberturas estreitas e horizontais que dão para o coro-alto e parte inferior das torres. As paredes laterais são rasgadas por janelas e portas com frontão triangular. Pequenos arcos botantes aliviam a pressão das paredes laterais sobre anexos da igreja, em contrafortes de descarga que estão ornados por pequenos pináculos.

A sé tem três naves amplas sem transepto, com cobertura de madeira (cedro), com pilares a substituirem as colunas. A igreja integra oito capelas laterais, algumas das quais se destacam pelas suas obras maneiristas e barrocas. A invulgar capela-mor tem uma abóbada de caixotões, assente na cornija de entablamento sobre seis colunas jónicas; a circundá-la está o deambulatório cujas paredes integram pilastras também jónicas que se encontram posicionadas a par das colunas. As armas reais fecham o arco triunfal da capela.

De destacar ainda a sacristia, com o seu mobiliário em jacarandá, alfaias religiosas e outros objectos em prata; um pouco por todo o edifício pode ainda ver-se pintura maneirista, pintura e escultura de escola espanhola, azulejaria, esculturas dos Mestres da Sé de Angra.