Implantada na principal praça da cidade, face ao edifício da Câmara Municipal, a Igreja de S. João Baptista ergue-se no local provável de uma igreja de menores dimensões e diferente orientação, de que resta o atual portal sul de um gótico singelo, que terá sido a sua entrada principal.

Obra iniciada talvez no tempo em que o Infante D. Henrique foi mestre da Ordem de Cristo, concluir-se-ia cerca de 1510, durante o reinado de D. João II.

O edifício, relativamente vasto, segue o esquema arquitetónico da vizinha Igreja de Santa Maria do Olival, justificável modelo apesar dos cerca de duzentos anos que separam as duas edificações. Assim, apresenta um corpo retangular de três naves, identificáveis na fachada, com cobertura de madeira e cabeceira de três capelas abobadadas.

Destacam-se, do aspeto geral da fachada, o portal e a torre sineira.

O portal, de gosto flamejante, inscreve-se num alfis retangular, rematado por um renque horizontal de flores-de-lis, e ladeado por finas pilastras onde baldaquinos cobrem nichos vazios. O tímpano rendilhado é definido por arquivoltas em conopial, ornada de volumosos cogulhos. Na enjunta podem ver-se os emblemas manuelinos, a cruz de Cristo e as armas do Reino.

Sobrepujando o portal encontra-se um óculo, hoje sem rosácea. A parte central da fachada é rematada por uma platibanda rendilhada com flores-de-lis entre elegantes pináculos, interrompida ao centro pela estátua de um cavaleiro quinhentista, segurando uma lança.

A torre sineira, incorporada no ângulo Norte da fachada, é formada por três corpos. O primeiro deles, de planta quadrangular, quase atinge a altura da nave central. Os seus grossos muros são rasgados, no piso térreo por frestas molduradas, e a nível superior por janelos, e decorados com brasões. O segundo corpo, octogonal, é rasgado por arcos levemente apontados que constituem as ventanas sineiras, e rematado por um varandim de pedra avançado sobre modilhões, com gárgulas em cada ângulo do octógono. A torre é rematada por um grande coruchéu piramidal, de secção igualmente octogonal, cintado com dois frisos rendilhados de cantaria, coroado por uma esfera armilar.

No flanco lateral Norte existe uma outra porta manuelina, de arco trilobado, inscrita num retângulo. Está decorada com colunas torsas nas ombreiras, nichos vazios sob baldaquinos, e motivos zoomórficos na verga (cães, caracóis, javalis e animais míticos), bem como emblemas régios - o pelicano de D. João II e a esfera armilar de D. Manuel I.

O interior é formado pelas três amplas naves (já referidas), de cinco tramos, com arcos ogivais assentes em colunas enfeixadas, com capitéis de decoração vegetalista de grande simplicidade (com exceção do capitel do primeiro feixe de colunas à esquerda, junto da entrada, que apresenta decoração manuelina).

A capela-mor, com abóbada em cruzaria de ogivas e decoração manuelina, apresenta ainda talha barroca, a ouro e branco, de finais do séc. XVII. O altar-mor está revestido com um silhar de azulejos enxaquetados, azuis e brancos, com a particularidade de apresentar rosetas amarelas entre as tarjas, datados da centúria de quinhentos.

A capela colateral do lado da Epístola encontra-se revestida de azulejos "ponta de diamante" do séc. XVII. A capela colateral do lado do Evangelho está revestida, nas paredes e na abóbada, por um tapete de azulejos policromos, de padrão, igualmente seiscentistas.

Obra relevante da arte portuguesa, o púlpito poligonal, de calcário, está adossado a um dos pilares da nave esquerda, assentando em nervuras que arrancam como lançamento de abóbada. A delicadeza das suas conceção e execução faz lembrar uma peça de ourivesaria. Apresenta, nas três faces principais, o escudo, a esfera (já sem as armilas) e a cruz de Cristo, sob doceis flamejantes. Ao longo do rebordo do peitoril corre uma orla de cardos de fino lavor.

De destacar do espólio desta igreja uma série de tábuas quinhentistas dispersas pelas paredes - "Degolação de S. João Baptista", "Salomé Apresentando a Cabeça de S. João Baptista", "Abraão e Melquisidech", "A Recolha do Maná", "A Última Ceia" e "A Missa de S. Gregório" - obras do pintor régio Gregório Lopes e executadas entre 1538-1539.

Na sala do piso térreo da torre, transformada em batistério, encontra-se um tríptico do início do séc. XVI com influências do flamengo Quentin Metsys. A tábua central, de grandes dimensões, representa o "Baptismo de Cristo". Os volantes apresentam no anverso "As Bodas de Caná" e "As Tentações de Jesus", e no reverso, em grisalha, as figuras de S. João Baptista e Santo André.