O Forte da Trafaria, mandado erigir em 1683 por D. Pedro II, está localizado próximo do rio entre o extremo oeste da falésia e o ribeiro da Raposeira, na Trafaria. Teve diversas utilizações, como: edifício de quarentenas (lazareto), entre 1797 e 1820; prisão e fortaleza marítima, no período que decorreu entre 1831 e 1833; aquando da sua desactivação, após as guerras liberais, foi utilizado como fábrica de guano de peixe, actividade que foi criticada pelo Conselho de Saúde Pública. Serviu, posteriormente, de viveiro das matas nacionais, e em 1879, servia de abrigo às galeotas reais. Em 1917, encontrava-se abandonado. Foi ainda aproveitado como habitação de particulares, sendo depois recuperado pelo Estado para prisão militar.