Uma lápide de pedra colocada na sacristia da Igreja de Sant´Ana atesta que a mesma terá sido edificada em 1725 pelo Padre João da Costa Aragão, filho do Tenente-Coronel Diogo Lobo Pereira, governador da Praça de Loulé.
Outra lápide, desta feita colocada no lado direito da Igreja, permite saber que em 1875 a Capela foi retocada através de dádivas de D. Maria Augusta Sovereira Zuzarte e que entre 1891 e 1893 foi completamente renovada por devoção de António José de Matos Mexia da Costa, de sua esposa D. Maria Augusta Mascarenhas Matos e de sua filha D. Maria Bárbara Mascarenhas de Matos.
A Câmara Municipal de Loulé procedeu ao seu restauro interior e exterior nos anos de 2006/2007. Nas Atas de janeiro de 2008, a Câmara cedeu à paróquia de S. Clemente o espaço da Igreja de Sant´Ana para que aí fossem realizados os diversos serviços eclesiásticos.
A imagem de Sant´Ana, padroeira deste templo, a única existente em Portugal, datada de c. de 1565, encontra-se no Museu Municipal de Loulé. Trata-se de uma figura em madeira, com 120 cm por 52 cm, cujo autor se desconhece.