Este templo foi mandado edificar por Filipe II, tendo-se  iniciado a contrução em 1590, segundo desenho de Filipe Terzi. Ficou concluído em 1600, sob a direcção de Leonardo Torreano (Terzi falecera em 1598).

Tem uma planta em estrela irregular de seis pontas, com largo fosso; tinha por função proteger o porto. Constitui uma belíssima e imponente fortaleza militar abaluartada, em que na parte central do átrio interior, rodeado de diversas guaritas de vigia, se localizavam as casa do governador e do corpo da guarda, hoje transformadas em pousada.

Inclui uma capela barroca, revestida desde a parede à abóbada em canhão por azulejos azuis e brancos, de 1736, da autoria de Policarpo Oliveira Bernardes; estão decorados com cenas da vida de S. Filipe. No centro do tecto pode ver-se a coroa do rei D. João V.

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