A Capela de Nossa Senhora do Monte pertenceu, pelo menos desde 1191, à Colegiada de Santa Maria da Alcáçova (CUSTÓDIO, 1996, p. 71), tendo passado em meados do século XIII para a posse dos leprosos, cujo Hospital e Gafaria, da invocação de São Lázaro, foi instituído por D. Afonso II em data próxima, ficando-lhe a capela anexa. Entre o final do século XIII e o início do século XIV, e após contenda judicial entre os ocupantes da Gafaria e os cónegos de Santa Maria da Alcáçova, os primeiros foram forçados a deixar a zona, próxima do Paço Real, e reinstalaram o Hospital e uma ermida fora da Vila, no Cerco de São Lázaro.

A ermida de Nossa Senhora do Monte manteve-se na sua propriedade até ao século XVII, data na qual o Hospital de São Lázaro e o seu património passou a ser administrado pela Santa Casa da Misericórdia. Foi ainda sob administração da Gafaria que a ermida sofreu algumas alterações fundamentais modificando a primitiva traça gótica, que definiu a planta de nave única e cabeceira abobadada em dois tramos. Foram encontrados alguns vestígios da uma intervenção quatrocentista, que em termos estruturais terá resultado numa provável ampliação do espaço e, segundo alguns autores, na alteração do arco triunfal e da abóbada da capela-mor.

São de particular relevância as duas grandes campanhas do século XVI; da primeira, manuelina, resultou o belo nicho de recorte mudéjar, com imagem quinhentista da Virgem, e talvez uma porta lateral em arco trilobado (desentulhada nos anos 60). Na mesma altura fez-se sepultar, em campa rasa brasonada, o cavaleiro Duarte Sodré, Vedor de D. Manuel. Das restantes intervenções quinhentistas, de meados do século, resultou a construção do alpendre corrido ocupando duas fachadas da ermida, a Sul e Poente, e abrindo para o portal principal substituído alguns anos mais tarde, em campanha patrocinada por D. Lopo de Sousa Coutinho, provedor da Misericórdia. O alpendre é constituído por uma série de elegantes colunas com capitéis compósitos, de longas folhagens sobrepujadas por ábaco com volutas e cabeças de anjos, florões ou grifos, revelando conhecimentos de fórmulas clássicas da Renascença italiana, assim como a influência particular da obra de João de Castilho (SERRÃO, 1990, p. 61). Ainda no século XVI houve lugar para a reforma promovida por outro provedor do Hospital, Aires Lopo de Sequeira, construindo-se o portal Sul ou da Epístola e os assentos do coro (CUSTÓDIO, 1996, p. 72), este de gosto maneirista.

Já sob a administração da Misericórdia, e portanto a sua expensas, foi executado o púlpito, com a data, inscrita, de 1623, e os revestimentos azulejares seiscentistas em lambril; a ermida conta ainda, no seu acervo, com uma tábua maneirista da Anunciação, atribuída à oficina de Ambrósio Dias, Mestre da Romeira, pintor regional de grande prestígio estabelecido em Santarém e bom representante do cânone de "elegância idealizada do Maneirismo internacional" (SERRÃO, 1990, pp. 66-67), e com duas esculturas em madeira do século XVII figurando A Virgem e o Menino e Nossa Senhora da Piedade.