Num alto sobranceiro ao mar, a Sul de Oeiras, existia uma ermida muito concorrida por romeiros que ali se deslocavam para conseguirem as melhoras para as suas enfermidades; dos milagres conseguidos, deixavam no retábulo do altar os seus testemunhos de gratidão, a tal ponto que, por essa razão, aquele tinha fama de prodígios. Ao que consta, o rei D. Manuel I, achando-se enfermo das pernas, costumava visitar a ermida, e depois de fazer as suas preces, deleitava-se com a paisagem que dali se alcançava. No início do reinado deste monarca, foi fundada uma confraria denominada de Nossa Senhora da Conceição dos Mareantes, no local da ermida de Santo Amaro, por pessoas do reguengo de Oeiras, designadamente comerciantes, pilotos e marinheiros, que viajavam para África e Índia. Numa das idas de D. Manuel à ermida, pediram-lhe os novos confrades que os auxiliasse na construção de uma nova capela, sem retirar o direito ao antigo padroeiro e que o templo que pretendiam edificar lhes servisse, não só de lugar de culto da sua devoção mas, também, de referência para os que entrassem na barra do Tejo, regressados das conquistas de África e da Índia. Concedido o pedido, logo começou a construção da nova ermida no lugar da primitiva de Santo Amaro, conservando o nome daquele Santo, tal como o sítio. Na ermida é de salientar o entalhe da capela-mor e a respectiva abóbada onde está representada a Pomba do Espírito Santo, símbolo espiritual. Motivo de interesse, é também, o púlpito em pedra, de base circular e varanda de balaústres e os três altares com retábulos dos finais de seiscentos. Outro motivo digno de menção é a azulejaria azul e branca com cenas sagradas, caso por exemplo, do trecho que está subjacente ao recipiente da água-benta, à entrada do lado direito. Nas dependências anexas, funcionam os serviços da Santa Casa da Misericórdia de Oeiras.