No centro da cidade, no local da antiga Judiaria, situa-se o único templo hebraico medieval português que subsiste em bom estado de conservação.

Está documentada a presença de uma comunidade judaica em Tomar, pelo menos, desde os primeiros anos do séc. XIV, mas que só virá a atingir maior influência no século XV, no âmbito do desenvolvimento económico da época dos Descobrimentos. A comunidade ocupava apenas um arruamento, a Rua da Judiaria, depois Rua Nova e hoje Rua Joaquim Jacinto. Apesar do número reduzido dos seus membros, a colónia judaica era próspera, tendo beneficiado da proteção do Infante D. Henrique, Mestre da Ordem de Cristo e condutor da política das Grandes Navegações, em Portugal.

A Sinagoga, que ainda hoje existe nesta rua, resultou de uma adaptação feita a partir de uma habitação para os serviços de culto. Foi usada e construída entre 1430 e 1460.

O local foi utilizado poucos anos como local de culto e reunião dos hebreus. Em dezembro de 1496 D. Manuel manda publicar um édito que dava aos judeus um prazo, até outubro de 1497, para se converterem ao cristianismo ou deixarem Portugal.

A sala de culto é de forma quadrangular com uma abóbada alta que se apoia em quatro colunas centrais. Nos quatro cantos da sala existem bilhas de barro incorporadas na parede, técnica tradicional que se destina a melhorar as condições acústicas.

Após a expulsão dos Judeus de Portugal, a sinagoga foi utilizada para diversos fins: como prisão na primeira metade do século XVI, como capela no século XVII, tendo sido transformada em armazém no século XIX. Assim foi encontrada, em 1920, por uma equipa de arqueólogos portugueses liderada pelo coronel Garcez Teixeira.

Em 1921 foi declarada Monumento Nacional e em 1923 o edifício foi adquirido por Samuel Schwartz. Em 1933 ele próprio deu início e financiou escavações e estudos. Em 1939 fez doação do edifício ao Estado com a condição expressa de ali instalar um Museu Luso-Hebraico, proposta aceite e ratificada no mesmo ano.

Do acervo do Museu Luso-Hebraico Abraão Zacuto, fazem parte várias pedras tumulares com inscrições em hebraico encontradas em todo o país e para aqui transferidas, ou cópias de algumas, que permanecem em outros museus arqueológicos, como o caso da pedra de Monchique, no Museu Arqueológico do Carmo, em Lisboa ou cópias em gesso, que permitem a avaliação geral do espólio tumular judaico em Portugal. Em 1985, iniciaram-se trabalhos de escavação dentro da Sinagoga, pondo a descoberto um esgoto com conduta em tijolo coberto com lages de pedra, um forno para aquecimento de água e um muro a partir do qual se faria o acesso ao banho sagrado para a purificação.
Descobriram-se na mesma altura várias moedas e material cerâmico diverso. O espólio encontra-se em exposição no Museu.

LOPES, Flávio (coord.), Património Classificado - Arquitectónico e Arqueológico - inventário, vol. III, Lisboa, IPPAR, 1993.