Entre 1485 e 1522 foi edificado neste local o paço episcopal, ideia que partiu da Câmara eclesiástica de D. Afonso de Portugal. Quinta apalaçada construída no séc. XVI, pertencente à Mitra de Évora e destinada a local de retiro.
O Cardeal D. Henrique fundou, em 1544, nos terrenos da quinta um mosteiro que dedicou ao Bom Jesus e que foi entregue à comunidade da Ordem Capucha da Piedade (capuchinhos), instalada em Vila Viçosa desde 1517.
O edifício terá sido construído entre 1550 e 1560 sendo, inicialmente, destinado apenas a doze monges, o que explica em parte devido às suas reduzidas dimensões. Segundo alguns autores, a sua autoria atribui-se a Diogo de Torralva ou a Manuel Pires, mas não há dúvida que o seu autor conhecia bem Itália ou as suas influências.
No séc. XVIII, o arcebispo D. Simão da Gama mandou ampliar o convento, segundo uma lápide comemorativa em 1706. Deste período é o lado esquerdo, adossado em ângulo recto à arcatura que dá acesso à capela e ao claustro, local que funcionou como Hospedaria, com piso alto que se apoia numa galeria de arcos com colunas toscanas.
A encimar as entradas para a capela e para o claustro encontram-se dois frontões barrocos, os quais representam o Sagrado Coração de Jesus e o bom Jesus Salvador do Mundo, respectivamente.
A capela apresenta uma planta centralizada, constituída por cinco octógonos encimados por cinco cúpulas, sustentadas por trinta e duas colunas. A cúpula do corpo central é mais elevada que as outras e assenta num elevado tambor, onde foram rasgadas as janelas de iluminação em arcos de volta inteira, alternadas com colunelos só visíveis do exterior. Tal como as outras, esta cúpula é encimada por um lanternim.
No interior existe uma sucessão de arcos de volta inteira e arquitraves, inscritos em suportes cilíndricos. Em cada corpo lateral encontra-se um nicho inscrito num arco cego, que serve de altar. No início, estavam nestes nichos três retábulos da autoria de Gregório Lopes, pintados em 1545 e actualmente no Museu de Évora.
As portas de acesso das duas sacristias são da época, esculpidas em madeira policroma, formando elipses e rosetas ovais com os perfis de S. Francisco de Assis e Santo António de Lisboa.
As casas da quinta, os jardins e o pequeno convento constituem um belo conjunto. O convento manteve as suas arcadas renascentistas.
Em 1913, foi aqui instalada a Escola de Regentes Agrícolas e, actualmente, as instalações funcionam como delegação da Reitoria da Universidade de Évora.