O Palácio das Águias foi mandado construir por Manuel Lopes Bicudo em 1713, passando a propriedade para Diogo de Mendonça de Corte Real em 1731. Em 1751 tomou de aforamento a Quinta da Eira, na qual promoveu melhoramentos e plantações. Empreendeu ainda o restauro e ampliação do primitivo palácio, entregando o projecto a Carlos Mardel. Em 1756 Diogo de Mendonça foi demitido do seu cargo (Secretário de Estado) e desterrado. O palácio foi então arrendado ao Cardeal Patriarca D. José da Câmara, que veio a falecer dois anos mais tarde. A residência foi cedida a João Pedro de Mendonça Corte Real, que faleceu em 1771 mas que em vida a tinha doado ao Hospital Real de Todos os Santos. Começou então uma longa disputa entre o Hospital e os descendentes de Diogo de Mendonça, processo esse que só viria a ser concluído em 1837 a favor da Santa Casa da Misericórdia (administradora do Hospital). Ao longo dos anos o palácio foi-se arruinando, sem que a Santa Casa conseguisse suportar os elevados encargos dos restauro, sendo inevitável a ida da propriedade à hasta pública em 1838, tendo sido adquirida pelo 1º Visconde da Junqueira. Promovido pelo novo proprietário o projecto de transformação da casa foi entregue ao arquitecto Fortunato Lodi, que a modificou ao gosto italiano, levando-a a perder as suas linhas setecentistas. Em 1841, construiu-se um gradeamento que substituiu o primitivo muro, e colocou-se duas águias de pedra sobrepujando os pilares do portão que dá para os jardins, sendo desta época a designação Quinta das Águias. A partir de 1870, data da morte do Visconde, a casa conheceu diversos proprietários.
Entre 1933 e 1937 foram empreendidas grandes obras de restauro no palácio pelo arquitecto Vasco Regaleira, que incluiu a reconstrução do jardim principal e a replantação dos pomares.

O Palácio das Águias inclui a quinta e os jardins, sendo confinada a Sul pela Rua da Junqueira, a Nascente e a Norte pela Travessa da Boa-Hora e a Poente pela Rua do Rio Seco.
A fachada virada a Nascente é constituída por dois corpos extremos, acoruchados, com telhados de duas águas, uma janela de sacada apoiada em mísulas e uma porta em cada um desses corpos, correspondendo a do ângulo Norte-Nascente à capela. O corpo central tem três vãos no plano inferior ladeados por pilares, sendo os do centro geminados; o vão central é rematado em arco de volta redonda e por balaustrada. O fundo da Galeria formada por aqueles vãos é revestido a azulejos, em cuja base se abre o portão nobre que se encontra emoldurado em cantaria, sobrepujado por tímpano triangular e ladeado por janelas. O piso superior tem um terraço com balaustrada, em cujo fundo recuado se abrem cinco porta-janelas de arco de volta abatida. A cobertura apresenta quatro águas-furtadas, cada qual numa das faces extremas do telhado.
A fachada Sul possui uma esplanada guarnecida de balaustrada, decorada com quatro estátuas de mármore, e de cuja esplanada se desce por uma escadaria com dois lanços laterais até ao jardim principal do séc. XVIII com muretes de azulejo e bustos de mármore. Os corpos extremos à fachada são rematados por coruchéus com janelas de sacada semelhantes às da fachada Nascente. O corpo central assenta num muro, que serve de apoio a sete arcos de volta perfeita intercalados por pilares de cantaria de secção piramidal. O terraço superior é revestido a azulejo e nele rasgam-se sete portas-janelas que abrem para diversas salas, sendo ainda adornado de balaustrada.
A fachada Norte tem corpos extremos idênticos aos da fachada Poente, cujo corpo central tem cinco portas-janelas no andar superior e duas janelas e duas portas no piso térreo. Esta fachada tem diante dela um pequeno jardim.

O interior do palácio excluindo a Capela e alguns pormenores conserva muito pouco do seu carácter setecentista, resultado das transformações feitas na segunda metade do séc. XIX e dos restauros efectuados no anos trinta do séc. XX.
O átrio situado na ala Nascente foi reconstruído em 1934, salientando-se o pavimento de placas de mármore em xadrez branco e azul. Apresenta tecto de estuque liso, porta adornada de cantaria datada do séc. XIX e enriquecida por um bom portal em ferro trabalhado, obra de Vasco Regaleira da fábrica Granja, rematado pela águia heráldica dos Sampaios.
A escadaria tem um primeiro lanço que se desdobra em dois no patamar médio . O tecto é de estuque, abaulado, com clarabóia e lanternim. A decoração das paredes é feita em parte por placas de mármore do séc. XVIII com composições geométricas de vários tons, e noutra por azulejos modernos. Possui cortina de ferro do séc. XIX e corrimão de madeira negra.
Na Sala de Entrada avulta-se uma porta de serralharia artística em renda, trabalho de Vasco Regaleira, emoldurada de cantaria . O tecto é de estuque com relevos.
A Sala de Jantar situada no andar superior é decorada num estilo moderno, possuindo tecto de estuque branco, que se divide em doze quadrelas geométricas, cavadas, sobrepostas com relevos de estuque em estilo Luís XVI.
Na Sala de Estar sobressai o tecto de estuque em estilo holandês, e de traça de travejamento geométrico em tom negro.
Outras salas, câmaras e dependências, nas quais se inclui a Biblioteca, demonstram uma decoração simples, à base de estuques lisos e nalgumas das quais o "parquet" é rico no traçado das madeiras exóticas de tons quentes, datados do séc. XIX. A maioria das salas está decorada com peças de mobiliário, gravuras, cerâmicas e pratas. A destacar há um painel quinhentista e uma escultura em baixo relevo em madeira de carvalho representando a "última Ceia".
A Capela é decorada ao gosto joanino, com os silhares de azulejos setecentistas, sendo a "sanca" valorizada por grinaldas que ladeiam versículos dos salmos. Ao fundo do altar encontra-se um quadro a óleo de Pedro António Quillard representando a "Anunciação".
A Cascata é um recinto abobadado, todo revestido a azulejos do início do séc. XVIII, situado na primitiva Quinta da Rosa. Os azulejos policromos representam aves exóticas e insectos, enquanto que as paredes inferiores são cobertas por panos de cerâmica representando campos de juncos entre outras composições.

FERREIRA, Fátima Cordeiro G.;CARVALHO, José Silva; PONTE, Teresa Nunes da (coord.), Guia Urbanístico e arquitectónico de Lisboa, Lisboa, Associação dos Arquitectos Portugueses, 1987.