Esta igreja parece remontar aos finais do séc. IX. No início seguiu a Ordem de S. Bento e, a partir do séc. XII, a Ordem de Cister. Frei Gonçalo Coelho foi nomeado abade de Júnias em 1499 e já em Janeiro de 1533, Edme de Saulieu, abade visitador de Claraval, ao passar pelo mosteiro, queixou-se de o encontrar arruinado e sem frades, embora ainda se mantivesse a igreja.

No entanto, nos séculos seguintes o mosteiro revive e repovoa-se. Sabe-se que, no início do segundo quartel do séc. XVIII, foram efectuadas obras de certo vulto na parte conventual do edifício e que, por altura da extinção das ordens religiosas (1834), o mosteiro ainda estava habitado. Este templo situa-se num vale estreito e ocupa um quadrado irregular encontrando-se, à esquerda, o corpo da igreja e a capela-mor junto ao ribeiro. Também desse lado está o seu cemitério, murado.

A partir da fachada principal encontra-se um muro com abertura para a portaria e, do lado oposto, no centro do quadrado, situa-se o claustro, do qual só restam três arcadas e o lançamento das escadas. Perpendicular à igreja, nascendo da capela-mor e acompanhando o correr do ribeiro, encontra-se um corpo de dois pisos que incluía a sacristia e a casa do abade, a sala do capítulo, a sala dos monges e a biblioteca. Outro corpo, perpendicular e paralelo à igreja, dá continuidade ao anterior. Neste bloco estavam o refeitório e a cozinha, abrindo-se este espaço para um terreno onde eram cultivados produtos hortícolas.

Num documento do séc. XVI ainda se faz menção a um calefactório e enfermaria. Do outro lado do riacho, com uma ponte de madeira assente em fortes bases de pedra, está um moinho de água, de rodízio, pertencente ao mosteiro. A igreja é de nave única, salientando-se o seu portal principal, românico, com um lintel decorado, sobre o qual assenta um tímpano vazado, formando uma Cruz de Malta (assim como os outros tímpanos das duas portas laterais); o lintel encontra-se assente sobre os capitéis dos colunelos que delimitam a entrada para o templo. O pórtico é rematado por um arco de volta inteira decorado e envolto por três frisos.

ALMEIDA, Fernando António, "Percursos", in Expresso, 24-03-90.

LOPES, Flávio (coord.), Património Classificado - Arquitectónico e Arqueológico - inventário, vol. III, Lisboa, IPPAR, 1993.