Ampla construção do 2º e 3º quartéis do séc. XIX, com projecto do engenheiro francês Colson, tendo o plano inicial sido modificado e acrescentado por engenheiros portugueses. Fazia também parte do projecto a criação de estruturas de apoio ao transporte de mercadorias, tendo sido criado um ramal de caminho de ferro que ligava o imóvel à Estação da Campanhã. Neste âmbito foi ainda aberta a Rua Nova da Alfândega.

Entre as alterações mais significativas, introduzidas no edifício conta-se a elevação para três pisos dos corpos laterais do edifício (onde se encontram os armazéns). A Alfândega ocupa uma plataforma criada artificialmente, paralela ao rio e que correspondia à antiga praia de Miragaia.

O edifício formado por cinco corpos, um central separado dos laterais por pátios fechados, apresenta duas fachadas: uma virada ao rio e outra para a cidade. Os armazéns subterrâneos possuem abóbadas de cantaria suportadas por pilares de pedra, sendo os primeiros e segundos pisos apoiados em colunas de ferro, enquanto o terceiro piso não tem colunas.

PORTO A PATRIMÓNIO MUNDIAL: Processo de candidatura da Cidade do Porto à classificação pela UNESCO como Património Cultural da Humanidade - 1993, Câmara Municipal do Porto, 1993.