O Colégio da Companhia de Jesus foi mandado construir pelo Cardeal D. Henrique em 1579 e deve a Baltazar Álvares o seu traçado arquitectónico. Em 1593 deu-se a mudança do convento de Santo Antão-o-Velho para Santo Antão-o-Novo com uma grande procissão. O novo convento possuía na altura 25 padres e alguns servidores, e pagava uma renda de 1400 cruzados. A Igreja do Convento foi inaugurada em 1652 e era uma das mais sumptuosas de Lisboa, mas por infortúnio não escapou ao terramoto de 1755, que viria unicamente a poupar a Sacristia e que constitui o actual elemento de maior relevo artístico, obra-prima do arquitecto João Antunes.
A entrada dá-se por um magnífico portal de pilastras estriadas e colunas salomónicas com as armas da Condessa de Linhares (D. Filipa de Sá) firmadas na cimalha. O interior é formado a mármores policromos, tendo pilastras adossadas aos flancos e colunas compositas adossadas à cabeceira, definindo um estilo barroco. O retábulo é da autoria de João Frederico Ludwig. O estilo barroco repete-se na sala nobre, octogonal, revestida a mármore policromo e com pilastras geminadas nos vértices da sala, e que foi concebida pelo arquitecto João Antunes. A escadaria principal que nos conduz ao piso nobre é revestida a azulejos do séc. XVIII que representam temas guerreiros e profanos. Igualmente revestido a azulejos é o pátio do relógio, tendo estes a particularidade de serem azuis e brancos em lambris.
O edifício conventual também desmoronou com o Terramoto , mas as reparações fizeram-se sem demora. Porém, o restaurado edifício viria a vagar após a expulsão dos Jesuítas em 1759. É nessa data que se deu a reutilização do convento, passando a receber os doentes do destroçado Hospital Real de Todos-os-Santos, e a partir de 1775 passou a ser designado por Hospital Nacional e Real de S. José (em honra a D. José I).
Em 1811 foi construído o portão na fachada Sul, colocando estátuas em plintos junto ao pano mural. Em 1901 sofreu as reformas de Curry Cabral atribuindo-lhe o nome de «Hospital Nacional e Real de São José e Anexos», englobando então outros edifícios conventuais até então não utilizados. A República (em 1911) viria a alterar novamente a designação dos Hospitais para Hospitais Civis de Lisboa, atribuindo-lhe o nome de Hospital de São José que se mantém até hoje. No actual uso a Sacristia funciona como capela do Hospital; A Biblioteca e Arquivo hospitalar encontram-se no piso nobre, e o gabinete do Director ocupa a sala nobre.

CAEIRO, Baltasar de Matos, Os conventos de Lisboa, [Sacavém], Distri, 1989.

GUIA LARANJALisboa e Costa de Lisboa, Convergência, Portugal, 1985.

MOITA, Irisalva (coord.), O Livro de Lisboa, Sociedade Lisboa 94 / Livros Horizonte, Lisboa, 1994.