Este convento terá sido fundado pela rainha D. Leonor, terceira mulher de D. Manuel, entre 1518 e 1523, tendo sido construído por sua irmã, D. Catarina, mulher de D. João III, entre 1527 e 1563. Serviu as freiras Capuchas.

Este edifício é considerado um dos melhores exemplares arquitectónicos de Faro.

No período entre 1518 e 1523, trabalhou aqui o conhecido mestre de obras Afonso Pires e também Álvaro Pires e Diogo Pires, mestres pedreiros, em 1543 e em 1561, respectivamente.

Na fachada destaca-se o portal, datado de 1539, com delicados baixos-relevos, pilastras coríntias e um brasão com o camaroeiro. O dormitório, onde actualmente se encontra a Biblioteca Municipal, tem a data de 1545.

O convento foi destruído no séc. XIX e apenas se conservam as ruínas do claustro, a parte mais notável deste edifício, edificado em 1540. Este claustro renascentista é semelhante ao da Penha Longa, em Sintra, sendo composto por dois pisos, o inferior com arcadas de volta inteira e tramos de dois arcos separados por botaréus encimados de gárgulas e o superior de arquitectura horizontal, com colunas jónicas. Tem como detalhe original o chanfrado dos quatro ângulos e apresenta curiosas gárgulas, assim como outros pormenores arquitectónicos.

O convento tem, ainda, uma cúpula branca e uma torre-mirante.

Após a extinção das Ordens Religiosas, em 1834, começaram os problemas de preservação. As freiras clarissas foram transferidas, em 1836, para o Convento das Bernardas de Tavira tendo o convento, durante alguns anos, ficado à mercê da população local, a qual lhe retirou os seus magníficos azulejos. Mais tarde, foi comprado pela quantia de 1.200$000, por José Maria de Carvalho e Teodoro José Tavares e, em 1864, vendido por 2.000$000 ao israelita Samuel Amram, que o transformou em fábrica de cortiça. Foi usado para este fim até 1964, quando a Câmara Municipal de Faro o adquiriu para aí instalar os Museus Municipais.

É Monumento Nacional desde 1948 e começou a ser restaurado em 1964. Apesar do restauro ter estagnado em 1971, o Museu Arqueológico do Infante D. Henrique instalou-se aí provisoriamente, tendo a Câmara, a expensas suas, retomado as obras de restauro, que terminou. Deram-lhe o nome "Infante D. Henrique" pois, foi fundado no dia do quarto centenário do nascimento do Infante, como homenagem da cidade, sendo assim um dos mais antigos do país.

Destacam-se os núcleos arqueológicos (com espólio da época romana e medieval) e as colecções Ferreira de Almeida, Almirante Ramalho Ortigão e de Arte Sacra.

LOPES, Flávio (coord.), Património Classificado - Arquitectónico e Arqueológico - inventário, vol. I, Lisboa, IPPAR, 1993.

ROSA, José António Pinheiro e, Monumentos e Edifícios Notáveis do Concelho de Faro, Faro, Câmara Municipal de Faro, 1984.