O convento de S. Francisco, foi edificado no séc. XVII, com a ampliação de uma pequena capela existente no séc. XVI dedicada a Nossa Senhora da Guia.

O convento foi novamente remodelado no séc. XVIII. No seu interior a igreja  é formada por três naves, divididas por duas ordens de arcos de volta inteira.

Consta do seu espólio esculturas do período barroco e pinturas do séc. XVIII. As paredes do edifício encontram-se revestidas por azulejos com iconografia referente à vida de S. Francisco. A sacristia conserva mobiliário (arcaz) em madeira de jacarandá do séc. XVIII, fontenário de pedra lavrada e tecto em talha dourada.
É actualmente sede do Museu de Angra do Heroísmo.