A igreja de São João da Corujeira foi fundada por cavaleiros da Ordem do Hospital depois da tomada da cidade aos mouros em 1230.
Foi cabeça de comenda da Ordem de Malta. Era no adro da igreja que se festejava o São João de Elvas.
A igreja manteve praticamente todas as suas formas até que um terramoto a 9 de fevereiro de 1840 fez ruir metade da construção. No séc. XIX foi reconstruída, pouco ou nada restando da primitiva edificação.