Luís de Almeida foi o primeiro português a visitar a localidade em 1567, depois do porto de Iococeura ter sido destruído por forças anticristãs e por haver necessidade de encontrar lugar seguro que constituísse base para o trato e para a missionação. Enviado por Cosme de Torres, o provincial dos jesuítas na altura, Almeida descobre a soberba e segura baía de Nagasaqui que constituiria a partir de então o centro de irradiação da presença portuguesa no Japão. Uma lápide que assinala o facto, foi colocada em 1968 junto ao atual templo Shuntoko-ji, local onde a partir de 1569 foi erguida a Igreja de Todos os Santos. No começo do ano de 1571 aí entrou a nau capitaneada por Tristão Vaz da Veiga, o primeiro navio português a fazer escala em Nagasaqui. O último foi o N. E. Sagres, capitaneado pelo comandante José Rodrigues Leite, quando em outubro de 1993, cumpria mais uma etapa da viagem comemorativa dos 450 anos da chegada dos portugueses ao Japão. Na ocasião aí embarcou o Presidente da República em direção a Tanegaxima.

Em 1580, Omura Sumitada, o dáimio local batizado em 1563, oferece a jurisdição da cidade à Companhia de Jesus e aquilo que era uma pequena vila passou a constituir uma cidade à imagem de Roma, porque nela muitos cristãos japoneses passaram a residir, sendo que à data da concessão havia já 400 casas. Em 1587 Hideiyoshi promulga o primeiro édito anticristão e nomeia um governador para Nagasaqui retirando o governo da cidade aos Jesuítas.

Nagasaqui foi a partir da sua fundação procurada anualmente pela nau do trato e palco dos mais impressionantes episódios da presença portuguesa no Japão. Em fevereiro de 1597 assistiu à agonia dos 26 mártires e logo em novembro à morte do Padre Luís Fróis, um dos mais notáveis missionários, autor da História do Japão e do Tratado...diferenças e costumes entre a gente de Europa e esta província de Japão. Outro acidente trágico, resultado da perseguição do xogunato à missionação e inerente presença portuguesa, constituiu o desastre da Madre Deus, nau que o capitão André Pessoa fez ir pelos ares em 1610 quando se viu cercado por navios que o pretendiam capturar. Para não cair nas mãos do inimigo deitou fogo ao paiol onde guardava a pólvora levando consigo a nau ao fundo e provocando a admiração dos japoneses que têm a honra em muito apreço.

Quando Tokugawa decretou o encerramento do país ao exterior foi construída a ilha de Dejima, reduto que deveria ser utilizado pelos portugueses, mas que a expulsão definitiva dos missionários acabou por ditar novos inquilinos. Coube aos holandeses utilizarem Dejima que constituiu por mais de 300 anos, janela do Japão sobre a Europa, espaço por onde penetrou a cultura, ciência e tecnologia. Reconstruída, Dejima inclui um espaço museológico onde se guardam algumas lembranças portuguesas, como a escultura da autoria de Martins Correia oferecida por Portugal à cidade de Nagasaqui e que representa seis vultos da cultura luso-nipónica - Jorge Álvares, Francisco Xavier, Luís de Almeida, Luís Fróis, João Rodrigues e Wenceslau de Morais - e que fizera parte do Pavilhão de Portugal na Exposição Universal de Osaka em 1970. Outro monumento, dedicado à fundação da cidade de Nagasaqui pelos portugueses, foi inaugurado em 1973 junto ao edifício da Câmara Municipal. Uma outra lápide colocada pelo município sob proposta do padre Diego Yuuki e do prof. Isamu Etchu, em 1972, à entrada do atual templo Honren-ji, assinala o local onde se erguiam a Igreja de S. João Baptista e o Hospital de S. Lázaro. Memória semelhante foi erguida em 1965 pelo Museu dos 26 Mártires, aquando do centenário da descoberta dos cristãos, para lembrar o local onde antes ficava a Misericórdia.

A cidade está cheia de recordações de Portugal, desde as montanhas que testemunharam a entrada das naus do trato durante décadas, até à escultura da autoria de Pedro Ramos, Kimono – 450 Anos, oferecida pela cidade de Lisboa a Nagasaqui em 1993 e inaugurada por Mário Soares junto ao observatório no topo do monte Inasa, ou o museu dos 26 Mártires, projeto do arquiteto Imai e obra do padre Diego Yuuki, também seu guardião desde a fundação em 10 de Junho de 1962. O padre Yuuki que chegou ao Japão a 18 de agosto de 1948, e é espanhol de nascimento, japonês de adoção e português de coração, fundou, organizou e protege até hoje o que é a melhor e mais completa coleção que em Nagasaqui faz a história da missionação. Defronte do museu ergue-se o monumento aos 26 mártires, do escultor Angélico Funakoshi e por perto foi levantado um memorial dedicado a Luís Fróis e inaugurado em 1993 pelo Presidente Mário Soares. Luís Fróis mereceu nova homenagem em 1997, quando o município, sob proposta da Sociedade Luso Nipónica e da Embaixada de Portugal, atribuiu a uma rua da cidade o nome deste missionário em celebração do 4º centenário da sua morte ocorrida em Nagasaqui. Em 1995 uma missão chefiada pelo bispo de Macau, D. Domingos Lam, devolveu a Nagasaqui algumas relíquias dos mártires, guardadas durante séculos em Macau e que a partir de então repousam na cripta do Museu.

A totalidade dos objetos de culto confiscados aos cristãos pelo governo de Nagasaqui foi transferida para o Museu Nacional de Tóquio durante o período Meiji, iniciativa que poupou aqueles tesouros. O Museu Prefeitural de Nagasaqui, construído no local onde se ergueu até 1614 a Igreja de Stª. Maria, guarda na sua coleção alguns biombos representativos da influência cristã e europeia como o dos reis europeus, do mapa do mar de Seto e da dama a tocar harpa. A Biblioteca Municipal guarda entre os seus tesouros, o mapa da baía com a representação do cerco às naus portuguesas.

Em 1968 constituiu-se a Sociedade Luso Nipónica de Nagasaqui e em 1978 o Porto assinou com Nagasaqui um acordo de geminação. Em 1861, um ano após a assinatura do Tratado de Paz e Comércio entre Sua Majestade Fidelíssima e o Imperador do Japão, José da Silva Loureiro, é nomeado Cônsul de Portugal em Nagasaqui e em substituição de J.H. Evans. De então para cá, existe em Nagasaqui um representante diplomático português hoje personificado no Cônsul Honorário. Desde que a cidade se abriu ao exterior que é ponto de visita obrigatório a estadistas e missões ou simples grupos de portugueses. D. Pedro Martins, Bispo do Japão (1596), D. Luís Cerqueira, Bispo do Japão (1598), Embaixador Sequeira de Sousa (1647), Visconde de S. Januário (1873), Mário Soares, 1º Ministro (1984), Centro Nacional de Cultura (1992), Sociedade Histórica de Independência de Portugal (1993), Mário Soares, Presidente da República (1993), António Salavessa da Costa, Secretário para o Turismo e Cultura do Governo de Macau (1995), Vasco Rocha Vieira, Governador de Macau (1999).      

As persistências da cultura portuguesa no Japão encontram na gastronomia a sua mais acentuada influência pois encontramos muitas e variadas especialidades portuguesas na dieta japonesa, do escabeche (namban dsuquê) às temporas (tempura), do pão de ló (castela) aos fios de ovos (queiren somen). Nagasaqui é naturalmente, a cidade japonesa onde essas especialidades gastronómicas têm origem, mas nem sempre, como veremos, a cidade que as fez suas. Em Nagasaqui a especialidade por excelência é o castela, pão de ló tal qual aparece nas telas de Josefa de Óbidos, confecionado segundo a receita de seiscentos em que o mel não fora ainda substituído pelo açúcar. As muitas fábricas de castela fazem do pão de ló de Nagasaqui a lembrança predileta de forasteiros.

À entrada da baía, baluarte que abraçava as naus portuguesas à chegada e à partida, a ilha de Ioujima, com uma população 90% católica, ostenta a sua bela igreja, neogótica que resistiu à devastação de 1945. A ilha tem ligação fácil com Nagasaqui por ferry e uma viagem a Ioujima proporciona uma visão semelhante à dos marinheiros e missionários portugueses no fim de uma jornada que os trazia ao Japão.

Através da assinatura, em 1996, de um protocolo de cooperação, assinado pelo adido cultural e a respetiva Presidente, a Universidade do Sagrado Coração de Maria, Junshin, passou a incluir no currículo académico o português como língua de opção. Em 1997 esta e a Universidade Católica de Lisboa assinaram um acordo de cooperação. No ano comemorativo de Xavier, o Museu Prefeitural de Nagasaqui apresentou a exposição, comissariada pela Prof.ª Natália Correia Guedes, “S. Francisco Xavier: A Sua vida e o Seu tempo”, uma entre várias iniciativas culturais promovidas por Portugal nos últimos anos em Nagasaqui, e das quais se destacam as exposições “Viagens Portuguesas e o Encontro de Culturas”, (1993), “Cartografia Portuguesa” (1993), “Macau: Cartografia do Encontro Ocidente – Oriente” (1995), “Cerâmicas de Bela Silva” (2002) ou os concertos da Orquestra Gulbenkian (1993) e do organista António Duarte (1999).

Como qualquer cidade do Japão, Nagasaqui tem o seu festival anual, o Okunchi que decorre em outubro, e uma vez em cada sete anos é dedicado a Portugal. O festival do Okunchi foi instituído em 1634 como forma de substituir as festas religiosas anteriormente celebradas pelos cristãos e tão apreciadas pela população de Nagasaqui. Sendo uma festa não católica era ainda uma forma de controlar aqueles que em segredo continuavam a professar o cristianismo.