O Farol/Capela foi construído por volta de 1528, por iniciativa e a expensas de D. Miguel da Silva, embaixador do rei junto do Papa, Bispo de Viseu e Abade Comendatário do Mosteiro de Santo Tirso. O Mosteiro de Santo Tirso detinha desde o séc. XII a jurisdição do Couto de S. João da Foz, o que explica a relação territorial e de interesses. 

D. Miguel, na qualidade de embaixador do rei de Portugal em Roma, conheceu de perto o refinamento cultural que se respirava nas cortes italianas de cinquecento. No regresso a Portugal trouxe consigo Francisco Cremonês, na qualidade de arquiteto privado, o qual foi responsável pelo risco das várias obras empreendidas pelo prelado, dentro das quais se inscrevem a Igreja de S. João da Foz e anexo Paço Abacial, bem como o Farol de S. Miguel-O-Anjo e dispositivos escultóricos da entrada da Barra do Douro.  

O Farol foi desativado nos meados do séc. XVII, mantendo-se ao uso apenas como Capela. Mas o isolamento e a própria implantação foram alterados.

À estrutura quinhentista adossaram-se dois edifícios: o dos Pilotos da Barra do Douro, construído em 1841 e a Torre Semafórica ou Telégrafo, levantada poucos anos mais tarde, por iniciativa da Associação Comercial do Porto. E os rochedos onde fundava o farol ficaram afundados no molhe construído nos finais de oitocentos, no âmbito das obras de beneficiação da Barra. 

Instrumentos de medição foram entretanto associados, aproveitando a plataforma do molhe: o marégrafo e o anemómetro, o primeiro para a altura das marés e o segundo para a velocidade dos ventos. Por último, foi adossada à plataforma uma rampa de acesso, destinada a barcos de pesca e de socorros a náufragos.

Classificado em 1951 como Imóvel de Interesse Público, o Farol encontra-se fechado e em muito mau estado de conservação, devido à salinidade do ar, ao desgaste natural de quase 500 anos de vida, às mutilações provocadas pelo encosto dos outros edifícios e por usos espúrios.