Os cronistas regulares não acordam no nome do fundador deste notável Mosteiro, para uns Hermínio Fafes, para outros Gomes Soeiro. Porém estas afirmações não merecem crédito, embora na então sala do Capítulo do Mosteiro se tivesse colocado um pretenso retrato do segundo, como fundador, nem deverá conceder-se maior importância ao informe de Frei Leão de S. Tomás, de que no Mosteiro haviam aparecido sepulturas datadas de 670 e 701. Certo é que o Mosteiro existia já em princípios do Séc. XII, não se conhecendo com exatidão desde quando, e que os seus padroeiros eram os descendentes do rico-homem D. Gomes Mendes, “Guedeão”, que viveu em meados desse século, certamente porque foi dele o Mosteiro próprio de seus antepassados, dominantes na terra de Basto e, por aquela possessão, seus fundadores e senhores do lugar de “Refúgios”.

 

O mais antigo desses nobres possessores é um “domno” Mendo, que viveu na segunda metade do século XI e de cuja ascendência nada se pode determinar de provável. Sucedeu-lhe nestas propriedades - “Villa” e respetivo “acistério” de S. Miguel – o filho, que os linhagistas medievais registaram com o nome de D. Gueda “O Velho”, para o distinguirem de outros homónimos, seus descendentes. É, indubitavelmente, um grande rico-homem da “escola” do Conde D. Henrique, D. Teresa e de D. Afonso Henriques.

 

No século XIII, a maior parte do padroado do Mosteiro passou de Gomes Mendes “Guedeão” a seu filho D. Egas Gomes Barroso. Dele passou à sua descendência, principalmente Gonçalo Viegas e Gomes Viegas “de Basto”. Estes, e muitos outros padroeiros de Refojos eram proprietários nobres de locais à roda do convento nos séculos XII e XIII.

 

No século XIV, foi o Vasco Gonçalves “Barroso”, primeiro marido daquela foi esposa do condestável D. Nuno Álvares Pereira, D. Leonor de Alvim; e esse seu filho de algo dotou o Mosteiro com muitos haveres. O rei D. Afonso Henriques havia coutado este Mosteiro ao seu abade Bento Mendes, por 800 maravedis; e pela inquirição se vê que nele se compreenderam, além do Mosteiro, as paróquias de S. Pedro de Alvite e Sta. Maria de Outeiro, respetivamente com dezassete e trinta casas. A igreja do Mosteiro era obrigada a dar apenas por ano quarenta maravedis velhos à Coroa.

 

D. Dinis, em 20/12/1223, deu carta “a Martim Gil priol do mosteyro de Reffojos de Basto e procurador do Abade e Convento do dito mosteyro” a respeito do escambo que Pero Foncinha e o comendador do “Barro” – Rio Gonçalves “tinham feito pelo rei e em seu nome pelas herdades em Adaúfe e em Crespos” por outros que os monges tinham em Vilalva dadas "pera sua pobra de Vila Real".

 

O Mosteiro de Refojos de Basto era governado por abades perpétuos, mas no reinado de D. Duarte passou a sê-lo por abades comendatários. Foi o primeiro D. Gonçalo Borges, em cuja família o cargo se manteve por 109 anos. Depois da morte de Francisco Borges, último daquela família, sucedeu-lhe D. Duarte, filho bastardo de D. João III, que veio a ascender a arcebispo de Braga.

 

Foi seu sucessor o ilustre Frei Diogo de Murça, jerónimo, que governou a casa com o título de administrador perpétuo. Pediu este ao Papa Paulo III que extinguisse o Mosteiro e permitisse que as suas rendas fossem aplicadas a dois colégios que se deveriam fundar em Coimbra, um de S. Bento e outro de S. Jerónimo. O sobrante seria para construir um outro colégio para 12 pobres. O pontífice anuiu ao pedido e expediram-se as bulas nesse sentido, recebidas por Frei Diogo de Murça, em Coimbra, onde então reitorava a Universidade.

Os padres, porém apelaram destas bulas e Frei Diogo reconsiderou, rogando para Roma que se mantivesse o Mosteiro com 12 padres e um prior e fosse reformado com os demais. Paulo IV acedeu a este novo pedido em 1555. Frei Diogo de Murça morreu no Mosteiro em 1570 e nele foi sepultado.

 

D. João Pinto, Cónego regrante de Sta. Cruz de Coimbra foi o último abade comendatário e, por bula de S. Pio V, o governo do Mosteiro foi entregue a abades trienais.

 

Gozou o Mosteiro de Refojos de Basto de avultadas rendas, quase todas em Trás-os-Montes, que eram divididas a meio com a Casa de Bragança, por serem herança do já referido Vasco Gonçalves “Barroso”, que foi sepultado no Mosteiro. A Igreja do Convento foi reconstruída em 1690, ficando com duas torres soberbas e muito elegantes.

 

O Mosteiro foi vendido pelo Estado, depois da extinção das Ordens Religiosas, em 1834.

A igreja, a sacristia e o teto do salão nobre dos Paços do Concelho estão classificados como imóvel de interesse público desde 1933.
 

A Igreja do Mosteiro é toda de estilo Barroco.

São de realçar as seguintes partes da Igreja:
- Na fachada dos lados direito e esquerdo estão colocadas as estátuas em tamanho natural do fundador da Ordem de S. Bento – São Bento de Núrcia, e de Santa Escolástica.
- Ala exterior em forma de varandim, tendo ao fundo, em nicho, a imagem de S. Miguel, e onde se celebrava missa campal no dia do padroeiro, S. Miguel, dia 29 de Setembro, em que o povo enchia toda a Alameda do Convento, hoje Praça da República.
- Figuras demoníacas, máscaras e também conhecidas por carrancas colocadas dos dois lados interiores logo a seguir à entrada da Igreja.
- Órgão duplo nas duas laterais, sendo um mudo.
- Dois púlpitos em castanho, pintados, em imitação de mármores e parcialmente dourados (data: 1777/1780). Pintados e dourados em 1786/1789. Gradeamento em pau ébano.
- Capela do Santíssimo Sacramento em castanho pintado e dourado (data: 1780/1789) – com dois anjos tocheiros de madeira estofada, e o Santo Cristo da Capela do SS. Sacramento em castanho estofado (data: 1783/1786?).
- Altar-Mor com credencia. Do esplendor da talha são de salientar alguns efeitos especiais, como a orla de “chamas” do pináculo da obra, as fitas de folhas cingindo as molduras convexas e o formoso festão de margaridas e rosas no remate da portada. A Capela do Altar-Mor é em castanho dourado (1764/1767). Dourada em 1780/1783, a Capela e o Altar-Mor foram concebidos por Frei José de Santo António.
- A Sacristia seiscentista, hoje Núcleo Museológico, possui, além de outros elementos de interesse, um arco inclinado, único nos monumentos do país, quatro espelhos em castanho (1767/1770) e dois contadores da mesma data. Os espelhos foram baseados num modelo inglês.
- Claustros com elegantes colunas de pedra e ao centro com uma taça também de granito.
- Zimbório em circunferência e rodeado por uma varanda interior e exterior e tendo ainda as esbeltas estátuas dos doze apóstolos, em tamanho natural e no remate, a do arcanjo São Miguel, rodeada por outra varanda.
- As cadeiras do Coro são em castanho (1767/1770) do qual consta o cadeiral, as sanefas e as portas das portadas, assim como, três sanefas dos janelões. O grande cadeiral foi composto em dois andares com 45 assentos em forma de U com cadeira do D. Abade no centro, segundo a tradição beneditina.
- A igreja possui ainda uma mísula com a imagem de S. Miguel Arcanjo (data: 1767/1770).

 

Em outubro de 2014, a Câmara Municipal, ciente do valor transcendental deste Património, entregou na Comissão Nacional da UNESCO, em Lisboa, a proposta de inscrição deste Mosteiro de S. Miguel de Refojos, na Lista Indicativa do Património da UNESCO, confirmada, no dia 30 de janeiro, através da submissão desta candidatura na plataforma da UNESCO.

Ver reconhecido o Mosteiro de S. Miguel de Refojos como Património da Humanidade será a garantia de que seremos capazes de o transmitir às gerações vindouras nas mesmas ou ainda melhores condições em que se encontra atualmente. Nesse sentido será elaborado um plano de salvaguarda.

Caso a candidatura “chegue a bom porto”, aquele será o primeiro dos 29 mosteiros beneditinos existentes em Portugal a conseguir aquela classificação.