Emmanuel Nunes nasceu em Lisboa, a 31 de Agosto de 1941. A sua aprendizagem de solfejo e piano começou em 1955, frequentando, entre 1959 e1963, a Academia de Amadores de Música onde foi aluno de Francine Benoit. Simultaneamente, era formando, a título particular e gratuitamente, de Lopes-Graça (então inibido de leccionar), aluno na Faculdade de Letras de Lisboa nos cursos de Germânicas e Filosofia Grega e colaborador da revista Seara Nova onde escrevia crónicas musicais. Uma das suas primeiras obras (posteriormente inutilizada pelo autor), Conjuntos I, foi alvo de audição em Lisboa num dos concertos da Juventude Musical Portuguesa, dirigida por Jorge Peixinho. Em 1964 estabeleceu-se em Paris e compôs o Trio de Cordas Degrés, a primeira obra a constar do seu catálogo. Depois de ter frequentado os cursos de férias de Darmstadt (onde tomou contacto com Stockausen e Boulez), entre 1963 e 1965, continuou os seus estudos (1965-1967) de Composição, Música Electrónica e Fonética nos Cursos de Nova Música de Colónia (escolas de referência da música de vanguarda), especializando-se de seguida em Técnicas Electro-acústicas na Siemens de Munique.

No Conservatório Superior de Música de Paris estuda como bolseiro do Ministério da Educação e escreve uma dissertação sobre Webern que lhe valeu o primeiro prémio de Estética Musical em 1971. Ao longo da sua prestigiada carreira foram-lhe encomendadas obras por instituições de renome: Fundação Calouste Gulbenkian; Rádio do Sudoeste, da Alemanha; União Europeia de Radiodifusão (compôs Tif'ereth tocada pela Orquestra Nacional de França e retransmitida por mais de 20 estações de rádio); Ministério da Cultura de França; Festival Testimonium de Jerusalém; Ensamble Intercontemporain; Radio France; Serviço Académico de Intercâmbio Alemão. Além de compositor, Emmanuel Nunes dedica-se também à docência, sendo professor convidado pela Escola Superior de Música de Feiburg e pelo Conservatório Superior de Música de Paris. É também chamado à Fundação Calouste Gulbenkian para dirigir Seminários de Composição, bem como a Darmstadt. Como conferencista, destaque para as suas palestras em Harvard, Cambridge e no IRCAM-ARI em Paris. A sua consagração pode ser constatada através de dois exemplos: o Festival de Outono de Paris, em 1992, foi-lhe musicalmente dedicado; e recebeu o título "Honoris Causa" da Sorbonne.