Nasceu na Figueira da Foz, em 2 de Fevereiro de 1939. Desde cedo enveredou por uma vida agitada e polémica, conforme ele próprio confessa. Dedicou-se a actividades ligadas ao cineclubismo, fez crítica de cinema no Diário de Lisboa, O Tempo e o Modo, Cinéfilo, entre outros jornais e revistas. Dedicou-se também ao ensaísmo. A sua aprendizagem do cinema é feita por intermédio de Seixas Santos, em 1960. Em 1963, como bolseiro da Fundação Calouste Gulbenkian, sai de Portugal a fim de frequentar a London School of Film Technique. Frequentou ainda, em Paris, a Cinemathèque Française. Dois anos volvidos, conhece Paulo Rocha e Fernando Lopes, de quem se torna amigo. Em 1974 escreveu o livro Morituri te salutant. Foi assistente de realização de Perdigão Queiroga em O Milionário. Entre a sua filmografia, entre finais dos anos 60 e a década de 70, conta-se: Sophia de Mello Breyner Andresen, (1969), Quem Espera por Sapatos de Defunto Morre Descalço, (1970), Fragmentos de Um Filme-Esmola, (1972), Que Farei Eu com esta Espada ?, (1975), Veredas, (1975-1977). De 1978 a 1979, realizou diversas curtas-metragens para a RTP2, respectivamente, O Amor das Três Romãs, Os Dois Soldados, O Rico e o Pobre. A partir da década de oitenta realizou: Silvestre, (1982), À Flor do Mar, (1986), Recordações da Casa Amarela, (1989) que recebeu o prémio de prestígio internacional Leão de Prata no Festival de Veneza, O Último Mergulho, (1993), A Comédia de Deus, (1995). João César Monteiro teve ainda intervenções como actor nos seus próprios filmes, casos de Veredas, Silvestre e à Flor do Mar, e em Amor de Perdição, de Manoel de Oliveira, A Estrangeira, de João Mário Grilo, e Doc's Kingdom, de Robert Kramer. Pela sua obra Monteiro é justamente considerado um dos realizadores mais destacados da sua geração.