Nasceu em Lisboa a 31 de Janeiro de 1512 e faleceu em Almeirim a 31 de Janeiro de 1580; era filho do rei D. Manuel e de sua segunda esposa, D. Maria.

Desde muito cedo que seu pai o destinou para a carreira eclesiástica, tal como seu irmão, o Cardeal Infante D. Afonso, tendo tido os melhores mestres: Pedro Nunes e Nicolau Clenardo.

Com apenas 14 anos, foi nomeado prior-comandatário de Santa Cruz de Coimbra. Em 1532, tendo vagado o arcebispado de Braga, D. João III pediu esta mitra para o seu irmão. No entanto, invocou a menoridade do Infante D. Henrique, que o inibiu de concretizar a mercê pontífica. Como compensação, o Papa Clemente VII fê-lo admnistrador desse arcebispado, do qual só tomou posse como arcebispo em Agosto de 1537. Em 1539, o rei nomeou-o Infante D. Henrique inquisidor-mor do Reino, embora sem anuência do Papa Paulo II, que originou algumas demoradas negociações.

Porém, o Papa sancionou a bula Gratiae dinae praemium, de 24 de Novembro de 1540, após D. Henrique ter renunciado à mitra de Braga. Em consistório do final de 1545, o Papa Paulo III nomeou-o Cardeal.
D. João III, em 1553, intercedeu outra vez por seu irmão, para que fôsse nomeado pelo Papa Júlio III, legado apostólico em Portugal, cuja mercê foi, mais tarde, suspensa no pontificado de Paulo IV.
Em 1561, no tempo do Papa Pio IV, conseguiu recuperar esse cargo.

Quando faleceu o arcebispo D. Fernando de Menezes Coutinho e Vasconcelos, o Cardeal Infante D. Henrique foi colocado em Lisboa, tendo sido nomeado arcebispo de Évora D. João de Melo, que tomou posse a 19 de Janeiro de 1565. Por sua morte, a 5 de Agosto de 1574, o cardeal Infante governou, pela segunda vez, o arcebispado eborense até 1578.

Durante o seu pontificado na mitra de Évora, prestou grandes serviços a favor de Évora, de que gostava tanto, e que perpetuou através de diversas fundações. Entre estas, destacam-se: as obras do Convento de Valverde (1544); a inauguração da Basílica de Santo Antão (1557); abriu a Universidade de Évora (1559); o Real Colégio do Espírito Santo (1561); o Colégio dos Porcionistas (1562); Igreja do Espírito Santo (1567-74), a Fonte Henriquina, na Praça do Giraldo (1576); e concluiu o Colégio da Purificação (1577).