Reino da pedra, eis como se poderia denominar toda a zona de relevo estremenho limitada pelas depressões de Ourém, a norte, e de Rio Maior, a sul, pelas bacias do Alviela e do Asseca a leste e oeste, por essa faixa quase plana em que se situa Alcobaça e que morre nas baixas de S. Martinho do Porto e da Lagoa de Óbidos. Vasta área que a geologia e o relevo se encarregaram de individualizar das manchas de arvoredo e da policromia dos campos de cultura espalhados em seu redor e cuja orientação, mais ou menos paralela à costa, circunscreve de forma clara o litoral.

Domínio dos calcários, que lhe conferem uma unidade profunda, o setor do Maciço Calcário Estremenho alberga distintas unidades geomorfológicas que, pelas suas características, representam um importante fator de diversidade. A ocidente estende-se a comprida serra dos Candeeiros, a leste avista-se a serra de Aire, enquanto a zona de Porto de Mós corresponde ao ponto de confluência dos vales da Mendiga e de Alvados / Mira de Aire-Minde. Entre estas duas importantes depressões situa-se o planalto de Santo António.

 

A secura, acentuada pela ausência de cursos de água superficiais, marca uma paisagem a que falhas, escarpas e afloramentos rochosos conferem um traço vigoroso.

 

A água corre através de uma intrincada rede subterrânea. A erosão cársica originou formações características - poljes, campos de lapiás, lapas e algares, uvalas e dolinas numa rara profusão de formas. As cavidades são férteis em temas espeleológicos.

 

O coberto vegetal é marcado pela presença de pequenas manchas de carvalho-cerquinho ou a azinheira. De entre as plantas autóctones destaca-se o cortejo das plantas aromáticas, medicinais e melíferas repartidas por algumas dezenas de espécies. A oliveira, a recordar o esforço dos cistercienses, domina a vegetação não espontânea. A fauna destes calcários inclui numerosas aves, nomeadamente a gralha-de-bico-vermelho, com hábitos de nidificação cavernícola (i.e. faz o ninho em grutas). Uma dezena de espécies de morcegos.

 

A presença humana é atestada desde o paleolítico. A estrada romana de Alqueidão da Serra testemunha caminhos antigos. Têxtil, curtumes, agricultura, criação intensiva de gado e indústria extrativa de pedra e argila justificam, na atualidade, a presença de numerosa população.

 

O Monumento Natural das Pegadas de Dinossáurios da Serra de Aire, no extremo oriental da serra de Aire na povoação de Bairro, em pleno Parque Natural, contém um importante registo fóssil do período Jurássico, as pegadas de alguns dos maiores seres que alguma vez povoaram o planeta Terra: os dinossáurios saurópodes. Na laje calcária onde as pegadas se conservaram ao longo de 175 milhões de anos (Jurássico Médio), conhecida como jazida da Pedreira do Galinha, podem ser observados cerca de 20 trilhos ou pistas, uma delas com 147 m e outra com 142 m de comprimento. Os saurópodes eram animais possantes, herbívoros, quadrúpedes, de cabeça pequena e cauda e pescoço compridos. A cauda serviria, possivelmente, para se defenderem dos predadores; o pescoço, tal como a cauda, ajudaria estes animais a manter o equilíbrio, permitindo-lhes chegar à vegetação mais alta e torná-los mais competitivos em relação a animais de menor porte.

 

Fundamentalmente pela ação humana a floresta foi sendo destruída dando origem ao aparecimento de matos de grande interesse florístico predominando, em termos de vegetação espontânea, áreas arbustivas de carrasco (Quercus coccifera) e subarbustivas de alecrim (Rosmarinus officinalis).

 

 

Podem-se referir, por exemplo, o gato-bravo (Felis silvestris), a gineta (Genetta genetta), a raposa (Vulpes vulpes), a doninha (Mustela nivalis), o texugo (Meles meles), a cobra-de-pernas-tridáctila (Chalcides striatus), a víbora-cornuda (Vipera latastei), as cobras-de-água, várias espécies de salamandras e tritões (Triturus spp.).

 

As aves são o grupo com maior número de representantes neste Parque, sendo conhecidas mais de 100 espécies que aqui nidificam. Algumas são mesmo importantes no contexto nacional, como o bufo-real (Bubo bubo) ou a gralha-de-bico-vermelho (Pyrrhocorax pyrrhocorax).

 

O meio subterrâneo tem, neste Parque Natural, grande significado. Nas suas numerosas grutas abrigam-se uma infinidade de seres vivos, de que se destacam cerca de dez espécies de morcegos cavernícolas, daí que um morcego estilizado figure no logótipo do Parque.