A Berlenga localiza-se em mar aberto, sendo ilhas oceânicas e rochedos isolados compreendendo falésias marinhas com vegetação e matos atlanto-mediterrânicos.

Ecologicamente são um importante local de refúgio e reprodução de aves marinhas, constituindo o limite NE de nidificação da Pardela-de-bico-amarelo na Atlântico Norte (c. de 200 Casais) e limite Sul da nidificação do Arau-comum, sendo o único local de nidificação simultânea destas duas espécies.

Inclui os núcleos reprodutores nacionais mais importantes da Gaivota-argêntea - com importância comunitária - e do Corvo-marinho-de-crista.

É um importante laboratório biológico, de onde se devem destacar os endemismos florísticose faunísticos e as peculiares características ecológicas das populações de reptéis e mamíferos, devidas à forte síndroma de insularidade deste ecosistema.

Os principais problemas ambientais que se colocam à Reserva são:

- Depósitos de lixo ao longo da costa Oeste que alimentam as gaivotas.

- Excesso de população nidificante da Gaivota-argêntea, pondo em perigo a diversidade dos povoamentos terrestres e ameaçando de extinção algumas espécies animais e vegetais.

- Turismo massivo inadequado às características da Área Protegida.

- Falta de infraestruturas para controlo da actividade de pesca comercial depredadoras da Reserva Marítima.

- Sobrecarga de pescadores desportivos.

- Falta de infraestruturas de informação e acolhimento na área da Reserva e em Peniche.

- Legislação regulamentar manifestamente insuficiente, dispersa e demasiado permissiva relativamente às acções humanas susceptíveis de degradar o ecosistema.

- Insuficiência de recursos humanos em especial durante a época balnear.