O estuário do Tejo é a principal formação estuarina do país. Inclui terrenos de aluvião no interior do estuário (mouchões) e de vasas, sapal salgado sujeito a marés, salinas, terrenos agrícolas, pastagens e pequenas áreas de montado e pinhal manso.

A Reserva Natural do Estuário do Tejo, inclui uma superfície de 14560 ha, que abrange os concelhos de Benavente, Vila Franca de Xira e Alcochete.

No interior da Reserva Natural estão definidas duas reservas integrais - a Reserva Integral do mouchão do Lombo do Tejo, constituída por uma pequena lagoa de 29 ha destinada principalmente a proteger a nidificação do Pato Real assim como a permanência no Inverno de outras espécies de anatídeos; e a Reserva Integral de Pancas constituída por uma zona de lamas e sapal com cerca de 1013 ha e que tem por objectivo preservar a existência de aves limícolas e de outras espécies.

Ecologicamente, é a mais importante zona húmida do país, constando da lista de zonas húmidas de importância internacional. Encerra um enorme potencial biótico, sobretudo a nível ictiológico e malacológico. No que respeita aos vertebrados, as aves são o grupo melhor representado, sendo um local de importância para aves aquáticas migradoras e invernantes, com um número de efectivos que pode ultrapassar valores superiores a 100.000 (mais de 80.000 limícolas). Entre as espécies invernantes, destacam-se com importância internacional, o Alfaite - em números que chegam a representar cerca de 75% dos totais europeus - a Tarambola-cinzenta, o Pilrito-comum, o Maçarico-de-bico-direito, o Perna-vermelha e os anatídeos em geral. O Perna-longa e a Perdiz-do-mar apresentam núcleos reprodutores de importância internacional.

O estuário do Tejo é ainda um dos núcleos mais importantes de passagem outonal de passeriformes transsarianos, com destaque para o Rouxinol-pequeno-dos-caniços, Rouxinol-grande-dos-caniços, Felosa-dos-juncos e Felosa-musical. A Reserva integra a Convenção de Ramsar desde 1980, num quadro legal internacional donde decorrem compromissos e responsabilidades que são também o reconhecimento de que se trata de uma das zonas de invernada de aves aquáticas migradoras mais importantes do Palártico Ocidental.

Aves migradouras: Pato Real, Marrequinha (Anas crecca), Ganso comum (Anser anser), Pato trombeteiro (Anas clypeata), Alfaiate (Recurvirostra avosetta), Flamingo comum (Phoenicopterus ruber), Tarambola cinzenta (Pluvialis squatarola), Pilrito-comum, o Maçarico-de-bico-direito, o Perna-vermelha, Perna-longa, Perdiz-do-mar.
Peixes

Os principais problemas são: degradação da qualidade da água, a utilização intensa de adubos e pesticidas nos campos de cultivo situados a montante, a existência de alguma caça furtiva, a utilização de técnicas de pesca prejudiciais e o sobrevôo ilegal por aeronaves militares.