Núcleo do povoamento antigo com raízes proto-históricas, foi uma das vilas medievais com foral atribuído pelo bispo de Coimbra em 1260 e renovado por D. Manuel I em 1514. A sua localização estratégica e a beleza do sítio, na confluência da ribeira da Mata e do rio Alva, foram razão de escolha do local para construção do castelo e de um paço episcopal, hoje desaparecidos.

No período do Condado Portucalense, Coja pertencia ao senhorio do fidalgo galego Fernando Pérez de Trava. O seu castelo passou então para os bens de D. Teresa, mãe de D. Afonso Henriques em troca com os de Soure e de Santa Olaia. Foi a própria D. Teresa quem doou a vila aos bispos de Coimbra que se empenharam no seu povoamento e que no século XVI a transformaram em couto.

No conjunto construído composto essencialmente por elementos vernáculos do tipo regional, destacam-se alguns edifícios com características mais monumentais como a Igreja Matriz e o pelourinho no centro, e a capela de Nossa Senhora da Ribeira, nos arredores.