Francisco Fanhais entrou para o seminário com dez anos e foi ordenado padre aos 23.
Emergiu na ribalta da música portuguesa após a participação no célebre programa de televisão Zip-Zip. Ainda em 1969 lançou "Cantilenas", o seu disco de estreia. Apareceu na capa do primeiro número da revista Mundo da Canção, editada em 19 de dezembro de 1969. O seu álbum Canções da Cidade Nova foi editado em 1970. A partir de poemas de Sophia de Mello Breyner, musicou "Cantata da Paz" e "Porque".
Impedido de cantar, de exercer o sacerdócio e de lecionar nas escolas oficiais, emigrou para França em 1971. Entretanto tornou-se militante da LUAR.
Regressou a Portugal após o 25 de Abril de 1974 e colaborou nas campanhas de dinamização cultural do Movimento das Forças Armadas. Em 1975 foi um dos participantes no disco República de José Afonso, gravado ao vivo em Itália.
Lutou, como cidadão e como padre, contra a ditadura, denunciando a guerra colonial e a opressão do regime de Salazar. Tornou-se cantor revolucionário e tem por Zeca Afonso uma profunda admiração.